1、本研究利用宏基因組技術(shù)，比較研究兔盲腸內(nèi)容物與上皮粘附微生物多樣性及功能差異，以探討兔盲腸微生物與宿主的互作關(guān)系。在相同環(huán)境飼喂相同全混合日糧的新西蘭兔群中分別選取1、2、4、6月齡，體況健康、體重相似的新西蘭兔子各6只，屠宰采集兔盲腸內(nèi)容物和盲腸上皮組織樣品。測(cè)定盲腸內(nèi)容物的pH、揮發(fā)性脂肪酸(VFA)、氨態(tài)氮濃度，盲腸內(nèi)容物和上皮組織的微生物多樣性及微生物功能，試驗(yàn)結(jié)果顯示:
1.隨著月齡增加，兔子盲腸內(nèi)容物的pH值逐漸上
2、升，從6.31升至6.71;總揮發(fā)性脂肪酸濃度穩(wěn)定在33.15～44.13nmol/g，乙酸丙酸比值沒(méi)有顯著差異（P＞0.05）,比值維持在9.81～11.17;氨態(tài)氮濃度1.50～5.34mg/g，隨著月齡顯著降低（P＜0.05）。
2.16S rDNA高通量測(cè)序，共獲得有效序列356068條，除2月齡上皮樣品外，其余樣品覆蓋率在66～86％。在97％相似度情況下，盲腸內(nèi)容物1～6月齡的OTU數(shù)分別為3173、3302、30
3、12和3654，盲腸上皮組織1～6月齡的OTU數(shù)分別為3471、4532、3433和5330。兔盲腸內(nèi)容物和上皮微生物以厚壁菌門(mén)、擬桿菌門(mén)、變形菌門(mén)為主。厚壁菌門(mén)在盲腸內(nèi)容物的含量(83.36～84.70％)和盲腸上皮組織的含量(77.14～85.72％)無(wú)顯著差異（P＞0.05），擬桿菌門(mén)在盲腸內(nèi)容物的含量(6.61～9.83％)顯著高于（P＜0.05）盲腸上皮組織的含量(3.22～4.13％)，變形菌門(mén)在盲腸內(nèi)容物的含量(0.34～
4、0.57％)顯著低于（P＜0.05）盲腸上皮組織的含量(6.97～13.92％)。變形茵門(mén)在盲腸上皮組織中存在60個(gè)菌屬，在盲腸內(nèi)容物中僅存在著8個(gè)菌屬，且只有草酸桿菌屬、彎曲菌屬為兩者共有的菌屬。熒光定量PCR結(jié)果顯示，埃希氏桿菌屬在盲腸內(nèi)容物中的數(shù)量（9.52×107copies/g）顯著低于(P＜0.05)在盲腸上皮組織中的數(shù)量(1.08×1010copies/g)。
3.基于16S rDNA基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè)的結(jié)果顯示，
5、無(wú)論在盲腸內(nèi)容物還是上皮組織中，參與纖維素降解這個(gè)功能的菌群所占比例最大，分別為26.93％和24.14％。參與脫鹵作用的菌群在盲腸內(nèi)容物中含量(11.02％)遠(yuǎn)高于在上皮組織中的含量(4.00％)。與氨氧化細(xì)菌相關(guān)的菌群在盲腸上皮組織的含量(23.70％)遠(yuǎn)高于其在盲腸內(nèi)容物中的含量(11.00％)。
4.宏基因組結(jié)果顯示，兔盲腸內(nèi)容物中的微生物側(cè)重碳水化合物(15.75～18.40％)，而盲腸上皮組織中的微生物則側(cè)重于蛋白
