烏珠穆沁綿羊MEF2B,RIPK2,CAMKMT基因多態(tài)性與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、前期全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）結(jié)果顯示，在全基因組水平上與斷奶后日增重顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)s58995.1位于MEF2B基因內(nèi)，OAR9_91721507.1位點(diǎn)位于RIPK2基因內(nèi)， OAR3_84073899.1位于CAMKMT基因內(nèi)。本研究在343只烏珠穆沁綿羊試驗群體中，選取30個綿羊血液DNA樣本，以相同濃度組成混池DNA，設(shè)計引物對MEF2B、RIPK2、CAMKMT外顯子及其上下游1000bp的調(diào)控區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PC

2、R產(chǎn)物檢測為目的條帶后測序。本研究通過使用DNAMAN和Chromas2軟件對測序峰圖進(jìn)行分析；采用飛行質(zhì)譜方法對檢測到的SNP位點(diǎn)及前期GWAS得到的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因型分型；使用Haploview軟件對多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行單倍型構(gòu)建及連鎖不平衡分析。使用SPSS（22.0）軟件進(jìn)行候選基因SNP位點(diǎn)與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析。主要獲得了以下結(jié)果：
　　1．混池測序結(jié)果
　　在MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個SNP位點(diǎn)（rs417014

3、745 A>G）,在RIPK2基因的第四外顯子上發(fā)現(xiàn)一個同義突變 rs160673968A>G，在第七外顯子上發(fā)現(xiàn)了一個錯義突變 rs417014745 A>G，在第十外顯子處發(fā)現(xiàn)一個同義突變 rs419478383C>T，在上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個 SNP位點(diǎn)g.5182G>C，在CAMKMT基因共發(fā)現(xiàn)5個SNPs位點(diǎn)，其中，上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)突變rs405040355C>A，在第五外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變 rs411221065G>A，在第八

4、外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變rs162300069A>G，在下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)兩個SNPs位點(diǎn)rs404399494G>A和rs418513655C>G。
　　2．候選基因與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關(guān)聯(lián)分析
　　MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)G→A（rs417014745 A>G）的突變位點(diǎn)與烏珠穆沁綿羊四月齡體重和胸圍極顯著相關(guān)（P<0.01）,與六月齡體重顯著相關(guān)（P<0.05）與六月齡胸圍極顯著相關(guān)（P<0.01）。
　　RIP

5、K2基因的rs160673968A>G位點(diǎn)雜合子AG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著優(yōu)于其他兩種基因型個體（P<0.05）。在rs162034551T>C位點(diǎn)錯義突變上，突變型CC基因型個體在四月齡體重、體高、體斜長和胸圍上顯著優(yōu)于其他兩個基因型個體（P<0.05）。g.5182G>C突變位點(diǎn) GG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著高于其他兩個基因型的個體（P<0.05）。g.4456C>T位點(diǎn)是GWAS得到的SNP位點(diǎn)，該位點(diǎn)C

6、C基因型的個體在四月齡體重上與其他兩個基因型的個體差異顯著（P<0.05）。
　　CAMKMT基因的rs411221065G>A位點(diǎn)GG和AA基因型個體與GA基因型的個體在六月齡胸圍上差異顯著（ P<0.05）。rs162300069A>G位點(diǎn)與四月齡和六月齡的體重和胸圍顯著相關(guān)（P<0.05）。rs404399494G>A位點(diǎn)三個基因型個體在四月齡體重和胸圍上差異顯著（P<0.05）,在六月齡胸圍上有顯著差異（P<0.05）。對

7、于rs418513655C>G位點(diǎn)，該位點(diǎn)三個基因型的個體在四月齡體重和胸圍上有顯著差異（P<0.05），在六月齡體重、胸圍和胸寬上有顯著差異（P<0.05）。對于rs420220919 A>G位點(diǎn)，該位點(diǎn)AA基因型和AG、GG基因型的個體在四月齡體重上也有顯著差異（P<0.05）。
　　3.合并基因型與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關(guān)聯(lián)分析
　　連鎖不平衡分析結(jié)果顯示，RIPK2基因中rs160673968A>G與rs162034

8、551T>C之間強(qiáng)連鎖， CAMKMT基因中rs162300069A>G與rs420220919 A>G之間強(qiáng)連鎖。
　　根據(jù)連鎖不平衡分析結(jié)果，將rs160673968A>G-rs162034551T>C組合基因型與生長性狀之間進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：rs160673968A>G- rs162034551T>C位點(diǎn)在本試驗中共有6種基因型組合，其中AATT基因型組合的個體數(shù)最多，GGCC基因型組合與AATT基因型組合的個體在四月

9、齡體重和體高、六月齡體高和胸寬上差異顯著（P<0.05）。GGCC組合基因型個體的四月齡體重、六月齡體高上優(yōu)于組合前GG基因型和CC基因型個體。
　　CAMKMT基因的rs162300069A>G-rs420220919 A>G位點(diǎn)在群體中有7種基因型組合，其中GGAA基因型組合個體數(shù)最多，GGAA組合基因型個體在四月齡體重和胸圍上與AAAA基因型個體差異極顯著（P<0.01）。在六月齡體重上，GGAA組合基因型個體與AAAA組合

10、基因型個體之間差異達(dá)到顯著水平（P<0.05），在六月齡胸圍上，差異達(dá)到極顯著水平（P<0.01）。
　　4.生物信息學(xué)分析
　　對RIPK2基因rs162034551T>C突變位點(diǎn)前后進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析，結(jié)果表明：突變前后，mRNA的二級結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-435.80kcal/mol變?yōu)?436.90kcal/mol，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性增強(qiáng)。突變前后蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)比例并沒有發(fā)生變化，α-螺旋的比例為36.25％，延伸鏈的比

11、例為14.87%，β-折疊的比例為8.74%，無規(guī)卷曲的比例為40.15%
　　對CAMKMT基因rs162300069A>G突變位點(diǎn)前后進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析，結(jié)果表明：突變前后，mRNA的二級結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-294.50 kcal/mol變?yōu)?289.4 kcal/mol，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低。突變前后蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)比例并沒有發(fā)生變化，α-螺旋的比例為49.38%，β-折疊比例為9.69%，無規(guī)卷曲的比例為22.81%，延伸鏈