肉牛生長發(fā)育與胴體性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及目標(biāo)區(qū)域測序捕獲功能基因的研究.pdf

1、肉牛生長和胴體性狀作為肉牛生產(chǎn)實(shí)踐中最重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一，對肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展起著至關(guān)重要的作用。2016年中國牛肉人均消費(fèi)量僅為5.6 Kg/人，遠(yuǎn)低于美國（36 Kg/人）、日本(10Kg/人)等發(fā)達(dá)國家水平，且略低于世界平均水平(6.2 Kg/人)。導(dǎo)致我國肉牛產(chǎn)業(yè)滯后的主要原因包括飼養(yǎng)成本高、管理水平低下及肉牛品種遺傳資源缺乏，尤其是遺傳因素始終束縛著我國肉牛產(chǎn)業(yè)發(fā)展。本研究旨在利用全基因組關(guān)聯(lián)分析及目標(biāo)區(qū)域測序的方式，從多策略、多

2、組學(xué)、多角度探索肉牛生長和胴體性狀主效基因或QTL區(qū)間，以期深入了解生長和胴體性狀遺傳機(jī)制，為后續(xù)全基因組選擇、分子標(biāo)記輔助選擇等提供可靠前提和基礎(chǔ)。本研究得到重要結(jié)論如下:
　　(1)對肉用西門塔爾牛五個生長和胴體性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析，找到18個候選基因和4個候選區(qū)間，其中如NCAPG、LCORL等基因在之前研究中報(bào)道過，如FGF9、SPIDR、LAMA4、TCF4等為新發(fā)現(xiàn)候選基因，為下游分子育種提供理論基礎(chǔ)。
　　(2

3、)通過多策略全基因組關(guān)聯(lián)分析，對肉牛日增重性狀遺傳機(jī)制進(jìn)行進(jìn)一步探討，三種全基因關(guān)聯(lián)分析同時定位至NCAPG-DCAF16區(qū)段，解釋表型方差超過4％，且發(fā)現(xiàn)在顯著區(qū)段富集與細(xì)胞增殖分化相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，推測日增重表型變異機(jī)理可能是受相關(guān)基因表達(dá)調(diào)控，為下一步研究提供可靠依據(jù)。
　　(3)從群體遺傳角度分析NCAPG-DCAF16區(qū)段是日增重候選區(qū)段可能性。發(fā)現(xiàn)肉用西門塔爾牛在該區(qū)段連鎖程度遠(yuǎn)高于其它地方品種，受選擇強(qiáng)度大于地方

4、品種，揭示了該區(qū)段是肉牛生產(chǎn)性狀候選區(qū)段的可能性。
　　(4)通過分析轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量與表型間相關(guān)驗(yàn)證全基因組關(guān)聯(lián)分析得到結(jié)論。首先驗(yàn)證NCAPG在肌肉細(xì)胞中存在三種轉(zhuǎn)錄本，然后發(fā)現(xiàn)NCAPG總表達(dá)量、NCAPG轉(zhuǎn)錄本XM_005207785、DCAF16表達(dá)量與日增重性狀呈正相關(guān)，該實(shí)驗(yàn)證明了之前全基因組關(guān)聯(lián)分析得到推論，進(jìn)一步揭示了日增重性狀遺傳機(jī)制。
　　(5)通過區(qū)間捕獲測序關(guān)聯(lián)分析分別找到38個、77個顯著標(biāo)記，主要落