腎移植臨床幾乎耐受者血漿及尿液的蛋白質(zhì)組學(xué)分析.pdf

1、第一部分腎移植臨床幾乎耐受者的血漿蛋白質(zhì)組學(xué)分析
　　目的：應(yīng)用表面增強激光解吸離子化飛行時間質(zhì)譜技術(shù)對腎移植臨床幾乎耐受者、排斥反應(yīng)病例及健康對照者血漿樣本進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析,篩選差異蛋白質(zhì)質(zhì)譜峰,并建立診斷模型,為臨床幾乎耐受的早期診斷和預(yù)測提供新的方法。
　　方法：收集臨床幾乎耐受(1組)、排斥反應(yīng)(2組)及健康對照(0組)共43例血漿樣本。應(yīng)用Biorad公司PBSIIC型質(zhì)譜儀及CM10蛋白質(zhì)芯片對血漿樣本進(jìn)行質(zhì)譜

2、分析;通過CiphergenProteinChip3.2軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的采集及預(yù)處理,使用BiomarkerWizard及BiomarkerPatterns軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,篩選差異蛋白質(zhì)譜峰,建立診斷模型。
　　結(jié)果：獲得152個可識別的血漿差異蛋白質(zhì)譜峰,其中P<0.05共有21個,P<0.01有11個。由21個差異質(zhì)譜峰篩選出2565.15、1966.28、6674.78、1103.27,1716.69、1966.28五個蛋白

3、質(zhì)譜峰建立差異蛋白診斷模型。該模型診斷臨床幾乎耐受病例的敏感性為83.3％、特異性為92.0%、ROC曲線下面積為0.951;診斷排斥反應(yīng)的敏感性91.7%%、特異性為96.8%、ROC曲線下面積為0.989。
　　結(jié)論：血漿質(zhì)荷比1000~5000范圍內(nèi)存在較多與臨床幾乎耐受相關(guān)的小分子量蛋白質(zhì)及肽;由2565.15、1966.28、6674.78、1103.27,1716.69、1966.28五個血漿蛋白質(zhì)譜峰構(gòu)建的診斷模型可

4、以較好地診斷腎移植臨床幾乎耐受,具有較高的敏感性和特異性。
　　第二部分腎移植臨床幾乎耐受者的尿液蛋白質(zhì)組學(xué)分析
　　目的：應(yīng)用表面增強激光解吸離子化飛行時間質(zhì)譜技術(shù)對腎移植床耐受者、排斥反應(yīng)病例及健康對照者尿液樣本進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析,篩選差異蛋白質(zhì),并建立診斷模型,為臨床幾乎耐受的早期診斷和預(yù)測提供新的方法。
　　方法：收集臨床耐(1組)、排斥反應(yīng)(2組)及健康對照(0組)共41例尿液樣本。應(yīng)用Biorad公司的CM

5、10蛋白質(zhì)芯片及PBSIIC型質(zhì)譜儀對尿液樣本進(jìn)行質(zhì)譜分析;應(yīng)用CiphergenProteinChip3.2軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的采集和預(yù)處理,并通過BiomarkerWizard和BiomarkerPatterns軟件進(jìn)行質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析處理,篩選差異蛋白質(zhì)譜峰,并建立診斷模型。
　　結(jié)果：獲得166個可識別的尿液差異蛋白質(zhì)譜峰,其中P<0.05共有19個,P<0.01有19個。由19個差異質(zhì)譜峰篩選出4241.63、6838.90、15

6、89.70、7433.77、4331.12、3363.30六個質(zhì)譜峰建立尿液差異蛋白診斷模型。該模型診斷臨床幾乎耐受病例的敏感性為88.9%、特異性為100.0%、ROC曲線下面積為0.990;診斷排斥反應(yīng)的敏感性100.0%、特異性為86.7%、ROC曲線下面積為0.988。
　　結(jié)論：尿液質(zhì)荷比1000~5000范圍內(nèi)存在較多與臨床幾乎耐受相關(guān)的小分子量蛋白質(zhì)及肽;由4241.63、6838.90、1589.70、7433.7

7、7、4331.12、3363.30六個尿液蛋白質(zhì)譜峰構(gòu)建的診斷模型可以較好地診斷腎移植臨床幾乎耐受,具有較高的敏感性和特異性。
　　第三部分腎移植臨床幾乎耐受者血漿及尿液差異蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析
　　目的：對血漿及尿液差異蛋白質(zhì)譜峰進(jìn)行生物信息學(xué)鑒定和功能注釋;應(yīng)用蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析篩選在臨床幾乎耐受中起重要作用的核心蛋白質(zhì),探索腎移植臨床幾乎耐受的生物機制。
　　方法：通過ExPASy的TagIdent

8、工具檢索SWISS-PROT及TrEMBL數(shù)據(jù)庫,對血漿及尿液差異蛋白質(zhì)譜峰以及模型節(jié)點質(zhì)譜峰進(jìn)行鑒定。應(yīng)用DAVID網(wǎng)絡(luò)軟件的“Tissueexpression”工具及GO-BP及GO-CC對差異蛋白質(zhì)進(jìn)行組織表達(dá)分析和功能注釋。使用Cytoscape軟件及MiMI插件對差異基因進(jìn)行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的生物網(wǎng)絡(luò)分析,篩選核心蛋白質(zhì)。
　　結(jié)果：差異蛋白中有2個血漿蛋白及4個尿液蛋白為未知蛋白。血漿及尿液差異蛋白的組織來源非常

9、廣泛,而腎臟是表達(dá)產(chǎn)生差異蛋白最多的器官。差異蛋白的功能涉及:細(xì)胞增殖分化、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、分泌調(diào)控、細(xì)胞運動、蛋白質(zhì)運輸及降解、核酸及能量代謝等生物過程。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析獲得5個血漿核心蛋白質(zhì):PSME3、SHBG、NDUFV2、KNG1、TFF1;5個尿液核心蛋白質(zhì):AGT、GRM7、ATP6V1H、RINT1、PTPRK。
　　結(jié)論：分析結(jié)果顯示腎移植可能影響全身個系統(tǒng)的功能變化,提示臨床幾乎耐受涉及生物機制的復(fù)雜性