寡核苷酸微陣列實(shí)驗(yàn)中配對樣本差異表達(dá)基因的檢測.pdf

1、微陣列技術(shù)已逐漸成為生物學(xué)研究和醫(yī)學(xué)研究一門通用技術(shù)。利用它我們能夠在基因組水平上同時(shí)研究成千上萬個(gè)基因的表達(dá)水平。但是，微陣列實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的大量復(fù)雜的多元數(shù)據(jù)集向我們提出了新的統(tǒng)計(jì)分析挑戰(zhàn)。 在許多情況下，微陣列實(shí)驗(yàn)的目的是比較兩種不同樣本的基因表達(dá)水平。在這樣的比較研究中，一個(gè)非常重要的問題是判別兩份樣本中哪些基因是差異表達(dá)的。目前已經(jīng)提出了許多用于檢測差異表達(dá)基因的方法，但沒有一種統(tǒng)計(jì)方法具有通用的最佳性質(zhì)。對于配對實(shí)驗(yàn)，由于

2、缺乏有力的統(tǒng)計(jì)工具，現(xiàn)在基本還是沿用傳統(tǒng)的配對t檢驗(yàn)或Wilcoxon符號秩檢驗(yàn)。雖然Tusher et al．(2001)提出的SAM方法可以處理配對樣本，但對于實(shí)驗(yàn)中只有一個(gè)配對的情形，卻顯得無能為力。 本文在Tomlins et al．(2005)的COPA和Tibshirani and Hastie(2007)的outliersums方法基礎(chǔ)上，針對Affymetrix寡核苷酸微陣列的設(shè)計(jì)特點(diǎn)，提出微陣列配對實(shí)驗(yàn)差異表達(dá)