大腸癌輻射敏感相關基因與蛋白初步篩選.pdf

1、實驗目的：應用基因芯片技術和蛋白組學技術初步篩選人大腸癌細胞輻射敏感相關基因與蛋白。 實驗方法：1)、基因組部分：培養(yǎng)2種不同輻射敏感性的人大腸癌細胞LOVO和SW480，收集細胞至少達到107數(shù)量級，提取細胞總RNA，采用人全基因組表達譜芯片獲得兩株細胞的基因表達譜，分析比較兩者之間基因的差異表達情況。2)、蛋白組部分：同法培養(yǎng)LOVO細胞和SW480細胞，分別予以O、2、4、6GyX線照射，運用SELDI-TOF蛋白質(zhì)芯片技

2、術測定照射后24小時細胞的蛋白質(zhì)譜，分析兩株細胞間不同照射劑量后的蛋白質(zhì)表達情況，通過Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫搜索比較兩者之間的差異表達。 實驗結果： l、LOVO細胞組檢出基因16882個，SW480細胞組檢出基因17114個。 2、在2倍以上差異表達基因中篩選出上調(diào)基因908個，下調(diào)基因1312個。上調(diào)基因中包括Fas基因、NFkB基因等，下調(diào)基因中包括Caspas6基因、RAD21基因等已有研究證明與輻射

3、敏感相關。 3、LOVO細胞中高表達的基因主要有CEACAM5、THBSl、SERPINE2、ARL7、HPGD，提示與輻射敏感相關；SW480細胞中高表達的基因主要有SCD、NQ01、LYZ、KRT20、ATPlBl，提示與輻射抵抗有關。 4、兩種細胞間差異表達的蛋白質(zhì)峰共5組，平均質(zhì)荷比(m／z)分別為3366．87，4743．52，6077．43，7259．53，9155．45。 5、LOVO細胞隨輻射劑量

4、增加有梯度變化的蛋白質(zhì)峰有5組，其平均質(zhì)荷比(m／z)分別為2478．24，4521．30，5383．82，8454．03，11610．70：SW480細胞隨輻射劑量增加有梯度變化的蛋白質(zhì)峰有4組，其平均質(zhì)荷比(m／z)分別為5655．29，7472．21，15829．02，17859．47。 6、根據(jù)平均質(zhì)荷比，通過Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫搜索初步篩選出與腫瘤輻射敏感性高度相關的主要蛋白GADD45B，Thioredoxin

5、，MetallothioneinlfMTl)。 7、Thioredoxin在基因表達譜中是下調(diào)基因，Metallothionein1(MTl)在基因表達譜中是上調(diào)基因,GADD45B在基因表達譜中屬于無變化基因。 實驗結論： l、大腸癌輻射敏感性的預測可以從基因水平和蛋白質(zhì)水平來體現(xiàn)。 2、表達譜基因芯片技術能快速、靈敏地預測大腸癌輻射敏感性，篩選大腸癌輻射敏感性相關基因。 3、Thioredox