基于動(dòng)態(tài)規(guī)劃和支持向量機(jī)的蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè).pdf

1、本文提出了兩個(gè)新的蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)系統(tǒng)，PPSAA-Domain和KemaDom，這兩個(gè)系統(tǒng)分別采用基于模板的預(yù)測(cè)方法和從頭算的預(yù)測(cè)方法。 首先，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)新的基于模板的蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)系統(tǒng)PPSAA-Domain。該系統(tǒng)框架(Framework)包含三個(gè)主要步驟：第一，用自己提出的Profile-Structurealignment方法(PPSAA)比較兩個(gè)不同蛋白之間的相似性；第二，用我們給出的PPSAA-Template算

2、法在已知蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查找相似模板；第三，用我們提出的以貪心方法為主要思想的GreedyCombination算法對(duì)第二步得到的模板進(jìn)行組合以達(dá)到結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)。該系統(tǒng)框架解決了當(dāng)前基于模板方法無法模擬低同源性(remotehomology)結(jié)構(gòu)域的問題。 其次，作為對(duì)基于模板方法的補(bǔ)充，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)新的從頭算預(yù)測(cè)方法，KemaDom。該方法利用基于子空間特征的SVM(支持向量機(jī)，SupportVectorMachine)集成