兩個(gè)水稻品系的穗部性狀遺傳分析及DNA多態(tài)性的分析.pdf

1、以?xún)蓚€(gè)遺傳基礎(chǔ)相近的水稻品系R4233和測(cè)679為材料，通過(guò)對(duì)其雜交F2代的穗長(zhǎng)、一次枝梗數(shù)、二次枝梗數(shù)和每穗總粒數(shù)等性狀的相關(guān)性分析和通徑分析，探討與兩個(gè)品系每穗總粒數(shù)相關(guān)性狀對(duì)每穗總粒數(shù)的影響能力。利用SSR標(biāo)記檢測(cè)R4233與測(cè)679的遺傳相似系數(shù)，并利用全基因組重測(cè)序技術(shù)對(duì)R4233和測(cè)679進(jìn)行重測(cè)序，用來(lái)發(fā)掘大量的變異位點(diǎn)。根據(jù)這些變異位點(diǎn)進(jìn)行分子標(biāo)記的設(shè)計(jì)，為構(gòu)建遺傳圖譜和比較基因組分析提供幫助。主要結(jié)果如下:
　　

2、1.在與兩品系每穗總粒數(shù)相關(guān)的性狀中，穗長(zhǎng)、一次枝梗數(shù)和二次枝梗數(shù)與每穗總粒數(shù)呈極顯著正相關(guān)。通過(guò)對(duì)穗長(zhǎng)、一次枝梗數(shù)、二次枝梗數(shù)和每穗總粒數(shù)的通徑分析，發(fā)現(xiàn)二次枝梗數(shù)對(duì)每穗總粒數(shù)的直接通徑系數(shù)最大，表明二次枝梗數(shù)對(duì)每穗總粒數(shù)的影響力最大。
　　2.R4233和測(cè)679的遺傳相似系數(shù)為85.81％，與根據(jù)該品系系譜得到的遺傳相似系數(shù)89.9％相比較是在可接受范圍，表明R4233和測(cè)679的系譜是符合預(yù)期的。
　　3.本次重測(cè)序

3、深度為50X，共獲得68GB的數(shù)據(jù)。使用BWA軟件將重測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到日本晴上，共鑒定出了R4233和測(cè)679中12條染色體上的SNP位點(diǎn)分別有4220869個(gè)和3351173個(gè);鑒定出12條染色體上的InDel位點(diǎn)分別有425604個(gè)和385082個(gè)。將R4233和測(cè)679的reads比對(duì)到日本晴上，從中得到在R4233和測(cè)679之間有多態(tài)性的509637個(gè)SNP位點(diǎn)和4333581個(gè)Indel位點(diǎn)。對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行分析時(shí)發(fā)現(xiàn)基因間區(qū)中的