肉用綿羊lncRNA特征分析及細(xì)胞水平功能驗證.pdf

1、綿羊是重要的經(jīng)濟(jì)動物，肉用性狀選育已成為綿羊育種的主要方向。不同品種綿羊生長調(diào)控機(jī)制存在差異，對其開展研究有助于發(fā)現(xiàn)未知基因調(diào)控作用。LncRNA是一類長度大于200nt的非編碼RNA分子，在哺乳動物肌肉發(fā)育具有重要調(diào)控作用，且時空差異表達(dá)明顯。
　　本研究選用發(fā)育明顯差異的兩品種烏珠穆沁和特克賽爾綿羊，利用二代測序技術(shù)分別對妊娠85d、120d、初生和一周歲腓腸肌進(jìn)行分析，從lncRNA方面揭示兩品種肉用性能差異的內(nèi)在機(jī)制。同時

2、在細(xì)胞水平對篩選到的TCONS_00102859進(jìn)行試驗分析。主要試驗結(jié)果如下:
　　1.綿羊lncRNA測序及描述型分析
　　測序數(shù)據(jù)經(jīng)篩選處理后平均每個樣本獲得2.25 Gb數(shù)據(jù)，其中85日齡胎兒數(shù)據(jù)量最小，過濾數(shù)據(jù)質(zhì)量可靠。過濾數(shù)據(jù)回帖基因組，整體比對率≥89％，組裝后進(jìn)行l(wèi)ncRNA篩選，共獲得2002條候選lncRNA。LncRNA在綿羊染色體上不存在偏好性，長度跨越大，但78.5％的lncRNA長度＜2000nt

3、。候選lncRNA平均外顯子數(shù)目為2.8個，90％的lncRNA外顯子數(shù)少于4個。比對后發(fā)現(xiàn)1967條為新獲得轉(zhuǎn)錄本。
　　2.候選lncRNA靶基因注釋
　　靶基因GO注釋分析發(fā)現(xiàn)，篩選到的lncRNA可能與結(jié)合和催化作用、代謝過程、色素沉著和繁殖性能等相關(guān)。KEGG注釋分析發(fā)現(xiàn)，信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、易感疾病、癌癥、轉(zhuǎn)錄和翻譯等通路注釋到最多基因。
　　3.特克賽爾和烏珠穆沁相同時期差異lncRNA分析
　　不同品種相同

4、發(fā)育階段差異lncRNA分析發(fā)現(xiàn)，每個特定階段兩個品種差異表達(dá)lncRNA靶基因富集結(jié)果有明顯差異。85日齡胎兒富集到MAPK信號通路、Wnt信號通路等胚胎肌肉發(fā)育、腫瘤發(fā)生和其他相關(guān)通路;120日齡階段富集到心臟機(jī)能相關(guān)通路;初生階段富集到磷脂酰肌醇信號系統(tǒng)和鈣信號等通路;成年階段富集到煙酸和煙酰胺代謝通路。所有發(fā)育階段兩個品種都有差異表達(dá)的lncRNA篩選到10個。其中有三個lncRNA，TCONS+00051148、TCONS_0

5、0079077和TCONS+_00078553，對應(yīng)到基因內(nèi)部，對應(yīng)的基因分別為ANKRD10、FGF2和LOC101105780;TCONS_00102859只在特克賽爾表達(dá)且表達(dá)量逐漸升高。
　　4.TCONS00102859在綿羊成肌細(xì)胞功能初步分析
　　構(gòu)建TCONS_00102859慢病毒過表達(dá)載體，在綿羊原代成肌細(xì)胞上初步驗證其作用。發(fā)現(xiàn)GV287-TCONS_00102859對原代成肌細(xì)胞具有較高的轉(zhuǎn)染效率，且