小麥與條銹菌親和互作cDNA文庫高通量ESTs分析平臺構(gòu)建及相關(guān)分析.pdf

1、通過構(gòu)建小麥與條銹菌(Puccinia striiformis f.sp．tritici)互作cDNA文庫，能夠獲得大量表達序列標簽(Expression Sequence Tags，ESTs)，對其進行分析，不僅能了解寄主與病原菌互作過程中的基因表達情況，而且可篩選到致病及抗性相關(guān)基因，這對于闡明小麥與條銹菌互作的分子機制及培育新的抗性品種具有重要意義。 本實驗室通過構(gòu)建小麥與條銹菌親和互作cDNA文庫，獲得了寄主與病原菌互作

2、過程中表達的6002條ESTs。由于人工分析大量ESTs操作繁瑣、效率低、準確率差、不能根據(jù)需要進行有針對性的分析，而且在NCBI網(wǎng)站進行同源性搜索時，提交處理的序列數(shù)量有限，更易受網(wǎng)絡(luò)速度影響，為此，本研究構(gòu)建了本地化的高通量ESTs分析平臺121，并建立了相關(guān)的本地數(shù)據(jù)庫，可對獲得的大量ESTs進行有效分析。分析結(jié)果如下： 1 構(gòu)建了本地化的高通量ESTs分析平臺。分析平臺包括：序列前處理系統(tǒng)，ESTs同源性分析系統(tǒng)及EST

3、s功能注釋系統(tǒng)?？赏瓿纱罅縀STs數(shù)據(jù)從原始峰圖文件到最終同源性分析及功能注釋的自動化處理。通過對小麥與條銹菌親和互作cDNA文庫的大量ESTs進行分析，結(jié)果表明該系統(tǒng)簡單、快速、有效，能夠滿足實驗室大規(guī)模ESTs數(shù)據(jù)的分析需要。 2 利用該分析平臺對來自本實驗室構(gòu)建的小麥與條銹菌親和互作cDNA文庫6002條ESTs序列進行聚類分析，共獲得2746條uniseq，其中contig 610條，singlet 2136條。通過對u

4、niseq分別進行GO(Gene Omology)和KO(KEGG Ontology)及基于擬南芥和酵母菌蛋白數(shù)據(jù)庫的功能注釋，初步得到小麥與條銹菌親和互作過程中的基因表達譜及與代謝途徑相關(guān)的基因表達信息，為進一步研究基因功能奠定基礎(chǔ)。 本研究構(gòu)建的本地化高通量ESTs分析平臺是一個集成的生物信息學(xué)分析系統(tǒng)，可對實驗室得到的生物數(shù)據(jù)進行多種生物信息學(xué)分析，而特定參照數(shù)據(jù)庫(如真菌ESTs數(shù)據(jù)庫)的加入使分析平臺能夠更有針對性地為