大白菜根響應根腫菌侵染的基因表達研究.pdf

1、大白菜根腫病由蕓薹根腫菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染引起，是危害十字花科作物的一種世界性土傳病害。本研究利用無參 RNA-Seq技術，對接種根腫菌后的根系進行轉(zhuǎn)錄組測序，通過與不同的基因組數(shù)據(jù)庫比對，進行功能注釋，并利用生物技術平臺篩選出根腫菌侵染后根組織表達有差異的基因，從細胞周期和胼胝質(zhì)積累兩方面初步探討大白菜響應根腫菌侵染的分子機理。研究獲得如下結(jié)果：
　　1.應用無參 RNA-Seq

2、技術構(gòu)建大白菜根組織轉(zhuǎn)錄組，共獲得20.8Gb的數(shù)據(jù)量， Denovo組裝后獲得Unigenes65128條；Gene mapping分析有53045條Unigenes得到注釋。差異表達分析共篩選出差異基因4986個，其中下調(diào)基因3394個，上調(diào)基因1592個。KEGG分析發(fā)現(xiàn)111條代謝通路，涉及1672個差異基因。
　　2.應用熒光定量PCR，對細胞周期中︱LOG2(TR/CK)︱≥2差異表達基因進行相對定量分析。結(jié)果表明，根

3、腫菌侵染大白菜根后多個與細胞周期相關基因表現(xiàn)差異，轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果與熒光定量表達結(jié)果一致。侵染后促細胞周期基因 CDKA;1、DOF1.7、CDKB1;1表達量上調(diào)，而抑細胞周期基因DELLA-RGA1表達下調(diào)，從而加快啟動細胞周期，調(diào)控細胞增殖。
　　3.應用熒光定量PCR，對胼胝質(zhì)沉積中︱LOG2(TR/CK)︱≥2差異表達的基因進行相對定量分析。結(jié)果表明，根腫菌侵染大白菜根多個胼胝質(zhì)沉積相關基因表現(xiàn)差異，轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果與熒光定