肉鴨空腸組織飼料轉(zhuǎn)化率及胸肌組織發(fā)育相關(guān)基因的富集與分析.pdf

1、飼料轉(zhuǎn)化率(Feed Conversion Ratio，F(xiàn)CR)和胸肌率(Breast Muscle Ratio，BMR)是肉鴨育種中的兩個(gè)重要性狀，兩者都可以直接反映肉鴨生產(chǎn)性能以及經(jīng)濟(jì)價(jià)值。眾所周知，飼料轉(zhuǎn)化率與胸肌率是受多基因控制的復(fù)雜數(shù)量性狀，因此在轉(zhuǎn)錄組水平對(duì)肉鴨空腸組織FCR相關(guān)基因和胸肌組織肌肉發(fā)育相關(guān)基因進(jìn)行富集和分析，對(duì)北京鴨育種有重要的意義，然而肉鴨的轉(zhuǎn)錄組分析一直受限于鴨基因組和蛋白組信息的不完整。本研究用北京鴨和

2、楓葉鴨兩個(gè)肉鴨品種作為為實(shí)驗(yàn)材料，各選取120只，在相同條件下飼養(yǎng)，記錄其體重等數(shù)據(jù)，連續(xù)飼養(yǎng)6周，然后根據(jù)FCR數(shù)據(jù)排序后篩選兩尾個(gè)體，采用RNA-seq技術(shù)，對(duì)不同組別肉鴨空腸和胸肌組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，同時(shí)使用轉(zhuǎn)錄子拼接的策略，建立新的參考基因組，并基于參考基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)轉(zhuǎn)錄本分析。取得的結(jié)果和結(jié)論如下:
　　(1)新參考基因得到16663條拼接序列，其長(zhǎng)度范圍為300bp到102067bp，其N50長(zhǎng)度為1530bp。使

3、用reciprocal best-hit的算法對(duì)得到的拼接轉(zhuǎn)錄子根據(jù)鴨與雞的同源進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行注釋，一共注釋了11960條拼接轉(zhuǎn)錄子。對(duì)剩余未注釋的轉(zhuǎn)錄子根據(jù)其序列結(jié)構(gòu)進(jìn)行可編碼能力預(yù)測(cè)，結(jié)構(gòu)表明僅有一條序列擁有蛋白編碼能力。
　　(2)在空腸樣本中，北京鴨高FCR組和低FCR組的對(duì)比中有632個(gè)差異基因，楓葉鴨高FCR組和低FCR組的對(duì)比中有240差異表達(dá)基因，其中北京鴨與楓葉鴨高低FCR組的對(duì)比中都存在的差異基因有101個(gè);

4、r>　　(3)在胸肌樣本中，北京鴨高FCR組和低FCR組的對(duì)比中有274個(gè)差異基因，楓葉鴨高FCR組和低FCR組的對(duì)比中有314個(gè)差異基因，其中北京鴨與楓葉鴨中都存在的差異基因有44個(gè)。
　　(4)功能富集分析結(jié)果顯示，空腸差異表達(dá)基因富集于9個(gè)不同的生物學(xué)過程，其中在免疫應(yīng)答、創(chuàng)傷恢復(fù)功能條目上尤為顯著(p＜0.05)。胸肌差異表達(dá)基因富集于6個(gè)不同的生物學(xué)過程，其中在脂肪酸代謝，肌肉分化，肌肉發(fā)育功能條目上尤為顯著(p＜0.0