鰱、鳙鰓部寄生鰱中華鳋線粒體基因組研究.pdf

1、橈足亞綱隸屬于節(jié)肢動物門(Arthpoda)甲殼亞門(Crustacea)顎足綱(Maxillopoda)，包括200科、1650屬、11500個種。目前，橈足亞綱(Copepoda)內(nèi)部各目間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系尚存在爭議。線粒體基因組的解碼可以為探討節(jié)肢動物系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系提供有價值的信息，但橈足類線粒體基因組的研究較少，尚未見有關(guān)杯口水蚤目(Poicilostomatoida)種類線粒體基因組序列的報道。鰱中華鳋(Sinergasilus

2、polycolpus)隸屬于杯口水蚤目鳋科(Ergasilidae)，是鰱(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)鰓部的主要寄生蟲。本文旨在測定鰱中華鳋線粒體基因組序列，分析其基因組成和結(jié)構(gòu)特征，進(jìn)而探討顎足亞綱的單系性。
　　 利用簡并引物擴(kuò)增并測定鰱中華鳋Cyt b和COⅠ基因的部分序列，據(jù)此設(shè)計特異性引物，采用降落PCR技術(shù)使用Long-PCR體系擴(kuò)增鰱中華

3、鳋mtDNA序列，拼接后得到了12917 bp的鰱中華鳋mtDNA序列(GenBank登錄號為：EU621723)。這段序列A、T、C、G堿基含量分別為35.0％、35.8％、14.0％和15.2％，GC-Skew和AT-Skew值分別為0.041和-0.011。通過序列同源性和結(jié)構(gòu)分析，鑒定了35個基因，包括13個蛋白編碼基因、21個tRNA基因和1個12S rRNA基因，推測未能擴(kuò)增到的ND4-Atp6間的片斷可能包含16S rRN

4、A、tRNAArg和tRNAThr基因以及控制區(qū)序列。
　　 在13個蛋白質(zhì)編碼基因中，起始密碼子和終止密碼子各有四種，前者包括ATA(COⅠ、COⅡ、ND1、ND2、ND3、ND5和ND6)、ATG(ND4L、COⅢ和ATP6)、ATC(Cyt b)和ATT(ATP8和ND4)，后者包括TAA(COⅡ、ATP6、ATP8、Cyt b、ND1、ND2、ND3、ND4、ND4L和ND5)和TAG(ND6)這兩種完整的終止密碼子，以

5、及不完整的終止密碼子TA(COⅠ和T(COⅢ)。21種tRNA基因的長度在54-63 bp之間，均可折疊成典型的三葉草結(jié)構(gòu)，但TψC臂長度變化較大，其中有三個缺少TψC臂。值得注意的是，鰱中華鳋具有3個tRNALeu基因，這在動物線粒體基因組中是少見的。35個基因中，蛋白質(zhì)編碼基因COⅠ、ND5、Cyt b和ND4，以及tRNALeu(CUN)、tRNAMet、tRNAPro、tRNAAsp、tRNAGlu、tRNATyr和tRNAHi

6、s基因位于N鏈，其余基因則位于J鏈?；蜷g重疊有12處，重疊堿基量達(dá)到159 bp，鰱中華鳋線粒體基因組中功能相關(guān)基因間堿基重疊的生物學(xué)意義還有待深入研究。以異形鱟線粒體基因排列作參照，鰱中華鳋線粒體基因顯示出大規(guī)模重排，進(jìn)一步研究橈足類及相關(guān)類群線粒體基因組的遺傳特征將有助于揭示和闡明橈足類線粒體基因大規(guī)模重排的規(guī)律和機(jī)制，深化對節(jié)肢動物系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系的認(rèn)識。
　　 選取已報道線粒體全基因組序列的甲殼動物各大類群的代表物種共21

7、種，將13個蛋白編碼基因的相應(yīng)氨基酸序列按照一定順序合并成一個數(shù)據(jù)集，以線形動物Trichinella spiralis作為外類群，用NJ法、ME法和MP法構(gòu)建了甲殼動物的系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果顯示：和猛水蚤目(日本虎足水蚤和加利福尼亞虎足水蚤)相比，杯口水蚤目(鰱中華鳋)與管口水虱目(鮭瘡痂魚虱)的系統(tǒng)關(guān)系更近一些；軟甲亞綱為單系群；介形亞綱的系統(tǒng)地位尚不明確，遺傳距離數(shù)據(jù)分析顯示，與軟甲亞綱的系統(tǒng)更近一些；鰓尾亞綱和五口亞綱互為姐妹群。所