基于mtDNA全基因組探究中國近海烏賊科的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系.pdf

1、本研究首次測定了烏賊科四種烏賊，包括虎斑烏賊(Sepia pharaonis)、刺烏賊(Sepia aculeata)、擬目烏賊(Sepia lycidas)以及無針烏賊(Sepiella inermis)的線粒體基因組全序列。對四種烏賊功能基因了進(jìn)行注釋，并分析了其結(jié)構(gòu)與特征，并對四種烏賊進(jìn)行比較基因組學(xué)研究，最后利用四種構(gòu)樹方法分析10種烏賊的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系。主要研究結(jié)果如下:
　　1.虎斑烏賊線粒體基因組全長為16，208 b

2、p，刺烏賊為16，219 bp，擬目烏賊為16，228 bp，無針烏賊為16，191 bp。四種烏賊均由13個蛋白質(zhì)編碼基因、22個tRNA基因、2個rRNA基因以及2個非編碼區(qū)組成。
　　2.四種烏賊均存在基因間隔與重疊區(qū)域，基因間隔總長在147-182 bp之間，基因重疊總長在51-104 bp之間。堿基使用方面，四種烏賊的A堿基在40％左右，T在32-39％之間，C在12-17％之間，G在7-9％之間，A+T％的含量74-7

3、7％之間，表現(xiàn)出明顯的AT偏向性，與烏賊科其它物種的特征相吻合。
　　3.13個蛋白質(zhì)編碼基因中，COⅢ、ND2、COⅠ、COⅡ、ATP8、ATP6及ND3由輕鏈編碼，ND1、ND5、ND4、ND4L、CYTB及ND6由重鏈編碼。密碼子使用方面，除ND4以ATA作為起始密碼子，其它12種基因均以ATG編碼起始;終止密碼子則較為復(fù)雜，存在不完整三聯(lián)密碼子。
　　4.大部分tRNA可形成典型的三葉草結(jié)構(gòu)，二級結(jié)構(gòu)包括氨基酸接受臂

4、、TΨC臂、DHU臂、反密碼子臂、TΨC環(huán)、DHU環(huán)以及反密碼子環(huán)，但同時也存在結(jié)構(gòu)缺失和堿基錯配現(xiàn)象。
　　5.四種烏賊中包含有兩種rRNA，分別是16S rRNA和12S rRNA。其中16S rRNA位于tRNALeu與tRNAVal之間，12S rRNA位于tRNAVal與tRNACys之間。
　　6.四種烏賊均包含兩個完全相同的非編碼區(qū)，控制著復(fù)制的起始和轉(zhuǎn)錄，被稱為控制區(qū)。長度分別為:虎斑烏賊1，114 bp，刺

5、烏賊1，112 bp，擬目烏賊1，154 bp，無針烏賊1，100 bp。兩個控制區(qū)分別位于tRNAGly與tRNAAAsn，tRNAGlu與COⅢ之間。經(jīng)分析，此區(qū)域的長短是造成四種烏賊線粒體基因組全序列長度差異的主要原因。
　　7.通過ML法、NJ法、ME法以及MP法構(gòu)建10種烏賊的系統(tǒng)樹。結(jié)果顯示，本研究中四種烏賊的分支分類情況與傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)分類完全一致，而其它六種烏賊中有三種烏賊的分類結(jié)果存在分歧。進(jìn)化樹中將原本歸屬于烏賊屬