云豹線粒體DNA全序列及中國(guó)13種貓科動(dòng)物的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系分析.pdf

1、本文利用PCR方法擴(kuò)增測(cè)序得到了云豹（Neofelis nebulosa）線粒體基因組DNA的全序列，序列全長(zhǎng)16844 bp，包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，22個(gè)tRNA基因，2個(gè)rRNA基因，1個(gè)控制區(qū)以及1個(gè)OLR?；蚪M堿基組成為A:5343 bp(31.7％), C:4441 bp(26.4%), G:2491 bp(14.8%), T:4569 bp(27.1%)。與已報(bào)導(dǎo)的其它哺乳動(dòng)物的線粒體基因組相比，云豹線粒體基因組的基因

2、組成、基因排列順序沒(méi)有發(fā)生變化。在云豹線粒體基因組中，蛋白質(zhì)編碼基因共11342 bp（包含終止堿基），其中有2251個(gè)堿基位點(diǎn)發(fā)生變異，占總位點(diǎn)數(shù)的19.8％；在所編碼的3792個(gè)氨基酸中，僅有256個(gè)位點(diǎn)發(fā)生變異，占總數(shù)的6.75％，說(shuō)明堿基替換多為同義替換。另外，在蛋白質(zhì)編碼基因中，AT偏向性在密碼子的第二位點(diǎn)更加明顯，這與大多數(shù)哺乳動(dòng)物第三位點(diǎn)AT偏向性較高明顯不同。在tRNA基因中，長(zhǎng)度最小者為tRNA–Ser(AGY)（59

3、 bp），最長(zhǎng)者為tRNA–Asn（73 bp），與典型的脊椎動(dòng)物線粒體tRNA基因的長(zhǎng)度（59～75 bp）相符；除tRNA–Ser(AGY)為二葉草結(jié)構(gòu)，缺失了“DHU”臂外，其余均為典型的三葉草結(jié)構(gòu)。在控制區(qū)中，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)RS–2重復(fù)序列，暗示了重復(fù)序列在線粒體基因組中可能沒(méi)有重要的生物學(xué)功能，同時(shí)在控制區(qū)的CSB–3區(qū)存在4個(gè)堿基的變異，遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于已知的其它貓科動(dòng)物在此區(qū)域的堿基變異數(shù)量。另外，與其它區(qū)域相比，云豹的控制區(qū)不僅沒(méi)有表

4、現(xiàn)出特別明顯的AT偏向性，反而是AT含量最低的區(qū)域，這也與大多數(shù)物種控制區(qū)中AT堿基含量最高明顯不同。進(jìn)一步研究還發(fā)現(xiàn)，線粒體蛋白質(zhì)編碼基因的序列長(zhǎng)度和堿基使用在哺乳動(dòng)物間具有較高的保守性，而在其它類(lèi)群的物種中則常存在較大的變異；哺乳動(dòng)物線粒體Cyt b基因的終止密碼子常為AGA，與其它類(lèi)群明顯不同，與云豹線粒體基因組中其它蛋白質(zhì)編碼基因通常使用的終止密碼子也明顯不同。另外，本文結(jié)合GenBank中已報(bào)導(dǎo)的12種食肉目物種的線粒體基因組

5、全序列數(shù)據(jù)，對(duì)食肉目物種進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)生分析，其結(jié)果與以前的研究結(jié)果相一致。
　　為進(jìn)一步探討中國(guó)貓科動(dòng)物（Felidae）的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系，本文對(duì)中國(guó)產(chǎn)13種貓科動(dòng)物的12S rRNA基因（約371 bp）和細(xì)胞色素b基因(Cyt b)部分序列（約355 bp）進(jìn)行了分析，并采用“最大簡(jiǎn)約法”和“最大似然法”分別構(gòu)建了分子系統(tǒng)樹(shù)。分析結(jié)果表明：在Cyt b基因序列中，有113個(gè)位點(diǎn)存在變異（約為總位點(diǎn)數(shù)的31.8％），高于12S r

6、RNA基因序列的44個(gè)變異位點(diǎn)（約為總位點(diǎn)數(shù)的11.9％）。構(gòu)建的分子系統(tǒng)樹(shù)顯示，猞猁（Lynx Lynx）可能是中國(guó)最早起源的貓科動(dòng)物，與其它貓科動(dòng)物之間的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，支持將其立為猞猁屬（Lynx）的觀點(diǎn)；草原斑貓（Felis libyca）、叢林貓（felis chaus）、兔猻（Otocolobus manul）和荒漠貓（Felis bieti）具有較近的親緣關(guān)系，支持將兔猻劃歸于貓屬（Felis）的觀點(diǎn)；金貓（Caopuma

7、temminckii）、云貓（Pardofelis marmorata）具有較近的親緣關(guān)系，但它們與貓屬物種之間的親緣關(guān)系可能較遠(yuǎn)，不支持將它們劃歸于貓屬；豹貓（Ponailurus ribengalensis）、漁貓（Prionailurus viverrinus）具有較近的親緣關(guān)系，支持將它們同歸于豹貓屬（Ponailurus）；云豹（Neofelis nebulosa）、豹（Panthera pardus）、雪豹（Unciaunc