短花針茅SNP標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性研究.pdf

1、生物多樣性是人類生存與發(fā)展的基礎(chǔ)，生物多樣性研究與保護已成為當(dāng)前世界性的熱點問題之一。遺傳多樣性既是適應(yīng)與進化的源泉，也是現(xiàn)實的與潛在的重要自然資源。因此，探討遺傳多樣性具有重要的理論與實踐價值。本研究以內(nèi)蒙古高原、鄂爾多斯高原、阿拉善高原、黃土高原、青藏高原等地的8個短花針茅（Stipa breviflora）群體（每個群體30個樣本）為研究對象，通過轉(zhuǎn)錄組測序、高通量測序數(shù)據(jù)分析，SNP位點識別、引物設(shè)計、PCR驗證及體系優(yōu)化等開發(fā)

2、SNP標(biāo)記。隨后，利用所開發(fā)SNPs對8個短花針茅群體進行了遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析。主要結(jié)果如下:
　　1.構(gòu)建了較完整的短花針茅轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集。短花針茅8個樣本共產(chǎn)出60111.6112萬條平均長度為150bp raw reads，共得到55156.9834萬條clean reads。高質(zhì)量堿基數(shù)為8273547.5100萬個，約占總測序數(shù)據(jù)量的91.76％，平均GC含量為54.54％;得到平均長度為1235bp的178901條

3、Unigenes，共有128777條Unigenes得到功能注釋結(jié)果;共識別出493411個SNP位點，其中轉(zhuǎn)換為321887個，顛換為171524個，轉(zhuǎn)換約為顛換的2倍。
　　2.設(shè)計了26對SNP引物，確定了SNP-PCR反應(yīng)體系（25μL）:30ng/μL模板DNA1μL，10μM上下游引物各0.5μL，PremixTaqTM12.5μL，ddH2O10.5μL。反應(yīng)程序為:94℃預(yù)變性3min，94℃變性30s，退火和延伸

4、，循環(huán)35次，最后72℃終延伸10min，4℃保存;經(jīng)過常規(guī)測序，最終篩選出7對短花針茅的SNP引物，包含可用于遺傳多樣性分析的位點56個。
　　3.短花針茅具有中等偏低水平的遺傳多樣性。在物種水平上，期望雜合度是0.1308，Nei氏遺傳距離為0.1306，遺傳變異主要發(fā)生在群體內(nèi)部(91.49％);在群體水平上，期望雜合度為0.122;短花針茅基因流為2.504，表明群體間具有較充分的基因交流。
　　4.短花針茅群體間遺