芯片元分析識(shí)別復(fù)雜疾病關(guān)鍵基因及通路研究.pdf

1、復(fù)雜性疾病是由多個(gè)基因及環(huán)境因素相互作用所致。隨著微陣列芯片技術(shù)的發(fā)展及其越來越多的應(yīng)用于動(dòng)物復(fù)雜性疾病分子機(jī)制的研究,尤其是以人、小鼠、大鼠等為模式動(dòng)物在動(dòng)物癌癥方面的研究,已經(jīng)產(chǎn)生了很多高度復(fù)雜的數(shù)據(jù)集。如何從這些海量的數(shù)據(jù)最終尋找到對(duì)我們有用的真實(shí)可靠的信息,從而發(fā)現(xiàn)復(fù)雜疾病發(fā)病與診療過程的分子遺傳學(xué)規(guī)律,則是擺在我們面前的重大問題。元分析,作為一種整合多個(gè)獨(dú)立但有關(guān)的研究結(jié)果的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,是一種相對(duì)廉價(jià)的選擇,并可以增加分析結(jié)果

2、的可靠性和全面性。因此,本文基于已有的針對(duì)某種復(fù)雜疾病(子宮內(nèi)膜異位癥)的基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)集,利用元分析的方法得到了比較全面可靠的與該復(fù)雜性疾病遺傳規(guī)律相關(guān)的生物學(xué)信息。論文利用在GEO數(shù)據(jù)庫中尋找到的與子宮內(nèi)膜異位癥相關(guān)的兩套芯片數(shù)據(jù),運(yùn)用非參數(shù)的基于不同數(shù)據(jù)源的有序基因列表秩積算法及R程序包,對(duì)不同來源的數(shù)據(jù)進(jìn)行元分析。我們將其與單個(gè)芯片t檢驗(yàn)分析結(jié)果進(jìn)行比較,得出結(jié)論:秩積法元分析的結(jié)果更加具有敏感性和特異性,并發(fā)現(xiàn)與子宮內(nèi)膜異

3、位癥存在顯著性相關(guān)的兩個(gè)基因THBS1和THBS2,及其參與的細(xì)胞外基質(zhì)受體互作通路。為了進(jìn)一步研究THBS1和THBS2這兩個(gè)結(jié)構(gòu)相似,相互作用,且在一定程度存在功能冗余的基因如何參與對(duì)卵巢癌的調(diào)控作用,我們通過網(wǎng)絡(luò)工具OncomineTM進(jìn)行共表達(dá)調(diào)控因子頻率的元分析。最終篩選出一些與它們共表達(dá)的基因或蛋白,并利用DAVID等工具對(duì)這些因子進(jìn)行功能注釋和通路分析,發(fā)現(xiàn)與卵巢癌顯著相關(guān)的一些通路,以及尋找到與細(xì)胞外基質(zhì)受體互作通路相關(guān)