基于EST的超高產(chǎn)橡膠樹膠乳基因表達(dá)譜分析及其高產(chǎn)機(jī)理探討以及壇紫菜絲狀孢子體基因表達(dá)分析.pdf

1、浙江大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士學(xué)位論文基于EST的超高產(chǎn)橡膠樹膠乳基因表達(dá)譜分析及其高產(chǎn)機(jī)理探討以及壇紫菜絲狀孢子體基因表達(dá)分析姓名：方永軍申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：生物信息學(xué)指導(dǎo)教師：于軍胡松年20080613浙江大學(xué)博士學(xué)位論文摘要伸因子(REF)、小橡膠粒子蛋白(SRPP)、甲羥戊酸激酶(MK)、磷酸甲羥戊酸激酶(PMK)和異戊烯基焦磷酸異構(gòu)酶(IPPI)在超高產(chǎn)膠中表達(dá)量較高，推測它們與橡膠高產(chǎn)相關(guān)紫菜兼具重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和理論研究價(jià)值，

2、有著典型的世代交替生活史，巳逐漸成為海洋藻類研究的模式生物壇紫菜是我國特有的栽培品種，本研究是首次對(duì)壇紫菜進(jìn)行大規(guī)模的EST測序和分析以及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建，初步探討了壇紫菜孢子體世代基因表達(dá)特征和世代問差異表達(dá)基因隨機(jī)測序11000個(gè)克隆，經(jīng)過聚類拼接得到2182條TCs，其Singlet1310條，Conti9872條經(jīng)同源搜索發(fā)現(xiàn)，690條TC序列能在NCBI數(shù)據(jù)庫中找到其高度同源序列，注釋率為32％。功能分析發(fā)現(xiàn)孢子體世代功能基因主要集

3、中于細(xì)胞過程和代謝過程，其中又以綁定和催化活性功能相關(guān)基因比例最高(818ESTs，占總有效測序量153％)，其次為大分子復(fù)合物、細(xì)胞器組成、核酸綁定、水解酶活性、氧化還原等功能代謝途徑分析表明，除磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)以外，PCK型C4固碳途徑中的關(guān)鍵酶均被發(fā)現(xiàn)，特別是磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶(PEPCK)基因高峰度表達(dá)，推測壇紫菜絲狀體世代很可能存在高效率的c4固碳途徑盡管壇紫菜與條斑紫菜在形態(tài)上非常相似，但在基因組成上