基于F-score和mRMR的蛋白質(zhì)熱點(diǎn)預(yù)測(cè)方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)相互作用熱點(diǎn)預(yù)測(cè)是功能蛋白質(zhì)組學(xué)中主要研究?jī)?nèi)容之一。Clackson觀察hGH與hGHbp結(jié)合時(shí)發(fā)現(xiàn)極少數(shù)殘基釋放大量的能量，由此引起研究者興趣。之后研究者將這些極少數(shù)的發(fā)揮關(guān)鍵作用的氨基酸殘基定義為熱點(diǎn)殘基。熱點(diǎn)殘基不是均勻分布于蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合面，而是聚集在一起形成“熱區(qū)”。
　　熱點(diǎn)殘基的預(yù)測(cè)是一個(gè)復(fù)雜的問題，涉及蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、序列以及結(jié)合面等方面。已有的熱點(diǎn)殘基的預(yù)測(cè)方法取得了一些成果，但是由于對(duì)決定熱點(diǎn)殘基的生

2、物學(xué)特征沒有充分的理解，熱點(diǎn)殘基預(yù)測(cè)結(jié)果還有改進(jìn)的余地?；谔卣鞯姆椒ńY(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)算法避免傳統(tǒng)方法實(shí)驗(yàn)周期長、計(jì)算代價(jià)高以及不能大規(guī)模應(yīng)用的缺點(diǎn)，是一個(gè)新興的研究方向。本文提出了一種基于多種特征預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)熱點(diǎn)殘基的方法，首先，提取了多種與熱點(diǎn)相關(guān)的蛋白質(zhì)序列與結(jié)構(gòu)特征，然后利用了F-score和mRMR選擇蛋白質(zhì)氨基酸理化屬性的加權(quán)疏水性、加權(quán)殘基接觸數(shù)、結(jié)構(gòu)屬性溶劑可接近面積和殘基突出指數(shù)等特征，最后采用機(jī)器學(xué)習(xí)SVM算法對(duì)選定的數(shù)據(jù)