白血病淋巴瘤患者分子遺傳學異常與預后相關性研究.pdf

1、本文主要從以下幾方面進行了論述。
　　第一部分 急性粒細胞白血病患者轉錄組研究
　　目的：(1)篩選和鑒定急性粒細胞白血病M2型不同發(fā)病階段差異表達的基因,并對差異表達基因做GO功能分析和KEGG Pathway分析,了解差異表達基因的生物學功能,確定其參與的最主要生化代謝和信號轉導途徑。(2)通過將急性粒細胞白血病M2型不同發(fā)病階段的轉錄組序列與人類參考基因組進行比對,分析并篩選發(fā)病相關的單核苷酸多態(tài)性位點及融合基因。

2、r>　　方法：通過高通量測序的方法對一例正常核型急性粒細胞白血病(AML-M2)患者初診時及緩解后外周血樣本進行轉錄組測序,應用TopHat和Bowtie軟件進行讀段在人類參考基因組及轉錄組上的定位,運行Cuffdiff程序計算轉錄本豐度和差異表達基因,運行DAVID程序對差異表達基因進行GO和KEGG通路的注釋和富集分析;對白血病相關基因JAK1、JAK2、TET2、ASXL1、IDH2、WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2

3、、HOXA9、FLT3、IDH1表達情況進行篩選分析;利用BWA和varscan兩個軟件進行SNV篩選。通過對初診時和緩解后表達基因的比較,篩選可能與白血病發(fā)生相關的單核苷酸變異(SNV),對這些突變進行分子功能及代謝通路分析。
　　結果：(1)通過對發(fā)病期及緩解期表達基因比較,篩選到4148個差異表達基因(FDR<0.05),其中上調差異基因1336個,下調差異基因2812個。差異表達基因富集于140個GO術語和26個KEGG通

4、路,主要與免疫反應、信號轉導相關。其中白血病相關基因 WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1為差異表達基因。(2)通過SNV分析最終獲得11個突變基因(p<0.05),包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3等。
　　結論：(1)RNA-Seq為我們提供了急性白血病患者體內基因表達譜,通過1例AML-M2患者的治療前和完全緩解后轉錄組比較分析研究,發(fā)現(xiàn)了白血病患者異常表達基因,

5、為進一步探索AML的發(fā)病機制提供了新的線索。(2)急性白血病的發(fā)生和發(fā)展與患者體內的多種基因異常有關,可以表現(xiàn)為獲得性突變(MLXIP、HK3、TLN1、ICAM-3)、差異表達(WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1)、形成融合基因等多種形式。除了目前已知的基因異常外還有更多的基因表達異常尚未能被充分認識。
　　第二部分 BCL6、MYC、P53基因異常對彌漫大B細胞淋巴瘤預后的影響

6、>　　目的：探討B(tài)CL6、MYC、P53基因異常對彌漫大B細胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者預后影響,篩選DLBCL獨立的預后因素,為DLBCL患者臨床預后判斷及分層治療的選擇提供依據(jù)。
　　方法：收集我院2009年-2012年有完整隨訪資料的新診斷的DLBCL患者的病理標本65例,采用間期熒光原位雜交技術(interphase fluorescence in situ hyb

7、ridization, I-FISH)分別檢測患者標本腫瘤細胞BCL6、MYC重排、P53缺失情況,并結合臨床指標及免疫組化結果進行多因素生存分析。
　　結果：1.BCL6重排率為21.5％(14/65),P53缺失率為35.4％(23/65),MYC重排率為7.7％(5/65)。2.MYC重排均屬GCB亞型,且BCL2蛋白均為陽性,在不同Ki67水平之間具有顯著差異性(P<0.05)。BCL6重排與BCL6蛋白表達之間無明顯相關

8、性。3.BCL6重排組預后明顯不良(P=0.027)。COX多因素生存分析表明,性別、BCL6蛋白、BCL6重排、Ki67是IPI以外的獨立預后影響因素。
　　結論：1.BCL6基因重排與BCL6蛋白表達之間無明顯相關性。2.BCL6分別從基因和蛋白水平影響DLBCL患者預后,且兩者均是DLBCL患者獨立的預后影響因素。3.單獨的MYC重排與預后無關,必需同時在基因水平或蛋白水平上分析“二次打擊”對DLBCL預后影響。4.P53缺