SLAF-GWAS分析豬腹股溝陰囊疝發(fā)生的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)及相關(guān)候選基因驗(yàn)證.pdf

1、豬腹股溝/陰囊疝一直受到養(yǎng)殖業(yè)者的關(guān)心和重視，它導(dǎo)致了貧弱的動(dòng)物福利和巨大的生產(chǎn)經(jīng)濟(jì)損失。腹股溝/陰囊疝是一種復(fù)雜的疾病，主要由多基因和環(huán)境因素共同作用所致，研究進(jìn)展較為緩慢。目前，許多研究小組采用不同的方法去解析豬腹股溝/陰囊疝的致病原理和尋找患病相關(guān)的易感區(qū)域，但所得到的結(jié)果不一致且沒(méi)有得到廣泛的驗(yàn)證。本研究通過(guò)全基因組簡(jiǎn)化測(cè)序，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選出與豬腹股溝陰囊疝相關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)，定位到相應(yīng)的候選基因;同時(shí)也對(duì)國(guó)內(nèi)外各個(gè)研究

2、小組篩選出來(lái)的候選基因在本試驗(yàn)群體中進(jìn)行了驗(yàn)證。主要的研究結(jié)果如下:
　　1.本試驗(yàn)采集了包含法系大白豬、法系長(zhǎng)白豬、美系大白豬以及多元雜交商品豬共270頭樣本群體;從中挑選出59頭患病個(gè)體和61頭正常個(gè)體作為高通量測(cè)序樣本，進(jìn)行了簡(jiǎn)化基因組重測(cè)序。根據(jù)完整度＞0.8，MAF＞0.05過(guò)濾，并獲得218460個(gè)高度一致的群體SNP。考慮到群體結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性，首先利用SNP信息對(duì)樣本進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析，再通過(guò)基于TASSEL軟件的線性模

3、型的進(jìn)行分析。結(jié)果顯示，在總?cè)后w和法系大白分群體中，都沒(méi)有定位到十分顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)。對(duì)所有樣本進(jìn)行患病-對(duì)照全基因組關(guān)聯(lián)分析，在總?cè)后w中定位到了7個(gè)顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn);單獨(dú)分析法系大白群體時(shí)，定位到了9個(gè)顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)。
　　2.依據(jù)關(guān)聯(lián)的SNP信息，進(jìn)行功能基因挖掘。在包含120個(gè)測(cè)序樣本的混合群體中，篩選出來(lái)了兩個(gè)位置功能候選基因CPNE5和MAP7D2;在含有57個(gè)測(cè)序樣本的法系大白群體中定位到了9個(gè)位點(diǎn)，但只篩選到

4、了1個(gè)功能位置候選基因MYCN。并對(duì)基因CPNE5和MAP7D2在270頭樣本中進(jìn)行了多態(tài)性分析，結(jié)果顯示，患病豬和正常豬在CPNE5基因多態(tài)位點(diǎn)處的基因型分布差異極顯著（P=3.24081E-07＜0.01），等位基因頻率的分布差異也表現(xiàn)的極顯著(P=2.2726E-10＜0.01);MAP7D2基因多態(tài)位點(diǎn)的基因型分布(P=0.000967835＜0.01)和等位基因頻率的分布(P=4.15084E-06＜0.01)差異均極顯著。<

5、br>　　3.根據(jù)已報(bào)道的研究并結(jié)合陰囊疝的解剖學(xué)病理特點(diǎn)，我們選擇了SOX9、COL2A1、MMP2和INSL3這四個(gè)候選基因在本試驗(yàn)群體中進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。方差分析結(jié)果顯示:在混合群體中，SOX9基因與陰囊疝相關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)的基因型分布差異顯著(P=2.56E-05＜0.01)，等位基因頻率分布差異極其顯著(P=0.000271＜0.01);COL2A1基因的相關(guān)位點(diǎn)在混合群體中，差異不顯著(P＞0.05)，但發(fā)現(xiàn)在法系群體中基因型頻率差