曼氏無針烏賊SCD基因克隆與生物信息學(xué)分析.pdf

1、硬脂酰輔酶A去飽和酶(stearoy-coenzyme A desaturase,SCD)是脂肪酸去飽和化的關(guān)鍵酶,與作為體內(nèi)能量重要來源和膜的重要組成成份的多不飽和脂肪酸( PUFA)共同維持膜流動性,并在脂肪酸代謝中起中心調(diào)節(jié)作用。本文以曼氏無針烏賊(Sepiell amaindroni)為實(shí)驗(yàn)材料,采用RT-PCR和RACE技術(shù)克隆了曼氏無針烏賊SCDcDNA的全序列,并通過各種生物信息學(xué)軟件對SCD基因的核酸和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分析

2、。結(jié)果表明:SCD序列全長為1513bp,由261bp的5′非翻譯區(qū)和331bp的3′非翻譯區(qū)及可編碼306個(gè)氨基酸的921bp開放閱讀框組成。通過NCBI中Blastn分析發(fā)現(xiàn),曼氏無針烏賊SCD核酸序列與真蛸相似性達(dá)到76％;進(jìn)一步以ClustalX軟件將曼氏無針烏賊的SCD基因與其他已發(fā)現(xiàn)SCD基因進(jìn)行比對,發(fā)現(xiàn)SCD與真蛸和長牡蠣相似性達(dá)到91%,說明SCD在軟體動物中的結(jié)構(gòu)相對保守,與其他非軟體動物SCD氨基酸同源性比對也表現(xiàn)

3、為50%以上的相似性,說明SCD分子在進(jìn)化分類上比較古老,可能是由同一祖先進(jìn)化而來。分析不同物種SCD基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹可知,曼氏無針烏賊和真蛸及牡蠣進(jìn)化關(guān)系最近,與魚類稍遠(yuǎn),與人及大鼠等哺乳動物親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。TMHMM Server v.2.0在線軟件預(yù)測SCD基因含有四個(gè)跨膜區(qū)域,在第50-100和200-250氨基酸處各含有兩個(gè)跨膜區(qū),說明SCD蛋白為典型的跨膜蛋白質(zhì);SignalP4.0在線工具預(yù)測SCD前體蛋白不含有信號肽位點(diǎn),

4、通過PSORTⅡ軟件推測目的蛋白最可能的功能區(qū)域?yàn)閮?nèi)質(zhì)網(wǎng);通過ProtParam、ProtScale和PredictProtein在線服務(wù)軟件對SCD蛋白進(jìn)行預(yù)測分析可知,其理論分子量為34922.4Da,理論等電點(diǎn)為8.95,其中丙氨酸和亮氨酸的含量較高,分別達(dá)到了7.5%和10.5%,該蛋白機(jī)型按極速成分明顯高于非機(jī)械性氨基酸成分因而提示為堿性蛋白的可能性較大, etPhos分析SCD存在7個(gè)潛在的磷酸化位點(diǎn);SCD含有豐富的螺旋結(jié)