一種新的篩選復雜性狀相關基因的方法.pdf

1、復雜性狀由遺傳因素、表觀遺傳因素和環(huán)境因素共同決定，并在群體中呈現(xiàn)連續(xù)性變異。這些變異通常與DNA遺傳多態(tài)有關，其中最常見的遺傳多態(tài)是單核苷酸多態(tài)(SNP)。目前，復雜性狀與SNP的關聯(lián)研究已成熱點，但仍有許多復雜性狀的遺傳基礎還不是很清楚，這就需要更有效為的研究方法來推動它們的研究。最近，我們研究發(fā)現(xiàn):在人類或酵母和線蟲等模式生物中，某些復雜性狀與次要位點含量(Minor Allele Content，MAC)存在很強的相關性，如在秀

2、麗線蟲的HW npr-1 RIAILs(Recombinant Inbred Advanced Intereross Lines)中，MAC同線蟲離開食物頻率(leaving rate)存在相關性。這就說明MAC通過某種方式調控了相關基因的表達，從而影響相應的復雜性狀。線蟲的覓食行為是一種受多基因調控的復雜性狀，以往的研究證實:npr-1、glb-5以及tyra-3等基因參與調控這一行為，但具體的神經(jīng)和分子機制還不是很清楚。
　　

3、目標:建立一種新的篩選復雜性狀相關基因的方法。
　　方法:本實驗以線蟲的覓食行為作為研究性狀。利用基因表達差異顯著性分析軟件(SAM)，從HW npr-1 RIAILs中篩選mRNA表達水平同時與MAC和leaving rate相關的基因，作為該行為相關基因的候選基因。然后，隨機從候選基因中挑選部分基因，通過RNA干擾技術對這些基因的功能進行分析和驗證，以證實該方法是否有效和可行。
　　結果:在HW npr-1 RIAILs

4、的基因表達譜中，有492個基因的表達與MAC相關，173個基因的表達與leaving rate相關，27個基因的表達同時與MAC和leaving rate相關。從這27個基因中隨機挑選4個表達上調基因(fbxa-103、lnp-1、ZC239.14和F42G2.2)和1個表達下調基因（nspd-7）進行RNA干擾驗證。與陰性對照相比，fbxa-103、lnp-1和ZC239.14被干擾后，線蟲的leaving rate均顯著降低;nsp