DNA序列的二維圖形表示及應(yīng)用.pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃的完成,生命科學(xué)領(lǐng)域也進(jìn)入了后基因時(shí)代。而基因和蛋白質(zhì)也成為生命科學(xué)研究的重點(diǎn)之一。過(guò)去,生物科學(xué)家們關(guān)注的是單一的基因或蛋白質(zhì)?，F(xiàn)在,尤其是將來(lái),科學(xué)家們將把工作的重心放在DNA序列信息,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息,以及他們的相關(guān)關(guān)系上面。為了在不同層面和角度描述生物信息,很多科學(xué)家進(jìn)行了基因和蛋白質(zhì)統(tǒng)計(jì)關(guān)系以及數(shù)學(xué)關(guān)聯(lián)問(wèn)題的研究,生物信息學(xué)的飛速發(fā)展給科學(xué)家們帶來(lái)的新的挑戰(zhàn)。計(jì)算分子生物學(xué)主要用于研究這些內(nèi)容。計(jì)算分子生物學(xué)是

2、一門交叉學(xué)科,涵蓋數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)、生物科學(xué)。其主要研究?jī)?nèi)容為基因與蛋白質(zhì)序列的相互聯(lián)合關(guān)系。其核心內(nèi)容就是序列比對(duì)、序列分析、生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)、基因識(shí)別、進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建以及生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等等。
　　 隨著人類研究生命科學(xué)技術(shù)不斷進(jìn)行,不斷有新的分子序列數(shù)據(jù)被產(chǎn)生出來(lái)了,同時(shí)它們又推動(dòng)生物信息學(xué)的發(fā)展對(duì)這些序列數(shù)據(jù)進(jìn)行科學(xué)的分析、處理可以。序列分析是生物信息學(xué)中的基本操作,通過(guò)分析序列之間的相似性可以預(yù)測(cè)它們之間的結(jié)構(gòu)和功能關(guān)系。本文

3、將在圖形表達(dá)的基礎(chǔ)上對(duì)DNA序列進(jìn)行進(jìn)化分析研究。圖形表達(dá)是序列分析的重要方法。DNA序列的圖形表示方法為研究DNA序列提供了重要手段,利用圖形表示方法描述基因序列具有直觀性和計(jì)算簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn),這樣相對(duì)于傳統(tǒng)的研究方法,大大縮短研究的進(jìn)程。
　　 本文我們提出一種基于蛋白質(zhì)中的20種氨基酸和一個(gè)終止代碼,也即核苷酸三聯(lián)體的DNA二維圖形表達(dá)方法,對(duì)序列進(jìn)行形象而直觀的描述。在這種二維圖形表達(dá)的基礎(chǔ)上,對(duì)序列進(jìn)行相似性分析,并運(yùn)用U