生物信息資源的系統(tǒng)分析.pdf

1、背景：在過去的幾十年的里，各種公開的生物學數(shù)據(jù)庫和計算資源不斷出現(xiàn)。這么多生物學計算資源使得生物學工作者在尋找合適的數(shù)據(jù)庫和工具是出現(xiàn)了困難。
　　 方法：在生物信息學傳統(tǒng)和電子期刊中可以得到很多生物信息學的計算工具和數(shù)據(jù)庫。而PubMed是一個免費的搜尋引擎。提供生物，醫(yī)學方面的論文搜尋以及摘要。它的數(shù)據(jù)庫來源為MEDLINE。Da&To數(shù)據(jù)庫將PubMed中標題和摘要里含有”http”模式的文章下載下來，并提取出文章中提到的

2、數(shù)據(jù)庫或工具的名字，地址等信息，共計13161個。Da&To提供了一個用戶友好的查詢界面，有很多有用的多特點。我們將這些數(shù)據(jù)庫和工具資源的主機所在的位置定位在谷歌地圖上。另外我們還根據(jù)數(shù)據(jù)庫或者軟件的MeSH term計算了他們之間相似度，并構(gòu)建和分析了整個數(shù)據(jù)庫的語義相似網(wǎng)絡。
　　 結(jié)論：Da&To是一個含有生物學數(shù)據(jù)庫和工具的綜合數(shù)據(jù)庫。它從PubMed中收集生物的數(shù)據(jù)庫和計算工具，并對這些資源之間的關系做了系統(tǒng)的研究和分