基因表達熱點信息可視化工具的開發(fā).pdf

1、基因芯片技術能夠獲取全基因組表達的大規(guī)模數據，但很難利用手工方法篩選出數據中包含的有效信息以及關聯不同生物學層面的數據。本文所開發(fā)的基因表達熱點信息可視化工具是一種能夠在染色體上定位顯示模式生物基因表達信息的軟件。該軟件實現了在染色體水平上基因表達變化特征及分布特征的圖像可視化，并可獲得基因表達熱點區(qū)域的分布特征數據，從而為在染色體層面上分析基因表達變化敏感區(qū)域，推測環(huán)境敏感型的轉錄因子提供有效的幫助。
　　設計過程的主要工作內容

2、如下:
　　(1)確立了該設計主要由用戶界面和與界面上各個功能模塊對應的后臺程序模塊組成。確定了設計的開發(fā)環(huán)境為Python2.7.5，輔助工具為Matlab R2012a。
　　(2)準備加載文件。使用MATLAB和Python中的BioPython模塊下載線蟲六條染色體的基因信息。對本地基因芯片表達數據進行對照處理，對數處理和歸一化處理。將下載的信息和歸一化處理后的表達數據作為匹配定位的加載信息。
　　(3)繪制基

3、因表達圖像。將匹配定位后的表達信息按照基因在染色體上的順序在彩色圖像中顯示出來，用紅色或者藍色的方格代表環(huán)境處理后上調或者下調的基因。
　　(4)統(tǒng)計熱點區(qū)域基因信息。使用匹配定位后的基因表達數據，統(tǒng)計出特定環(huán)境下每條染色體不同表達變化基因的數量和比例，又將染色體上表達連續(xù)變化區(qū)域的基因查詢信息和原始數據導出到文本文件和EXCEL表格文件中。
　　(5)使用Python中的wxPython模塊，設計出了可視化工具的用戶界面部