豬PRDX2和PRDX6基因的分離及遺傳效應(yīng)分析.pdf

1、PRDX2和PRDX6基因同屬于抗氧化蛋白超家族,該家族基因編碼的蛋白能通過硫氧還蛋白還原過氧化物或超氧化物,消除代謝產(chǎn)生的過氧化物,發(fā)揮抗氧化和清除自由基的作用。本實驗室在研究典型瘦肉型豬種(大白)和脂肪型中國地方豬種(梅山)兩種不同品種豬骨骼肌形成的分子機理時,應(yīng)用差異蛋白質(zhì)組學(xué)篩選出了PRDX2和PXDR6兩個差異蛋白。鑒于此,本研究選擇PRDX2和PXDR6作為豬肌肉品質(zhì)的候選基因,開展了基因結(jié)構(gòu)、時空表達譜、多態(tài)性及性狀關(guān)聯(lián)分

2、析等方面的研究,獲得如下結(jié)果:
　　 1、獲得豬PRDX6基因765 bp長度的cDNA序列,運用GENSCAN預(yù)測開放閱讀框,其中編碼區(qū)675 bp,預(yù)測編碼224個氨基酸；利用豬PRDX6的cDNA全長在豬核酸數(shù)據(jù)庫中進行比對,發(fā)現(xiàn)和豬9號染色體一個基因組克隆(pig clone CH242-230A16)完全匹配,發(fā)現(xiàn)豬PRDX6基因組全長達168 kb,包含5個外顯子；通過Spidey程序以及不同物種間剪切位點的保守性分

3、析基因結(jié)構(gòu),結(jié)果表明豬PRDX6基因的4個內(nèi)含子的剪切方式均符合“gt-ag”法則。
　　 獲得了豬PRDX2基因611 bp長度的cDNA序列,運用GENSCAN預(yù)測開放閱讀框,其中編碼區(qū)597 bp,預(yù)測編碼198個氨基酸；利用豬PRDX2的cDNA全長在豬核酸數(shù)據(jù)庫中進行比對,發(fā)現(xiàn)和豬2號染色體一個基因組克隆(pig clone CH242-275M24)完全匹配,發(fā)現(xiàn)豬PRDX2基因組全長達181 kb,包含6個外顯子,

4、5個內(nèi)含子。通過Spidey程序以及不同物種間剪切位點的保守性分析基因結(jié)構(gòu),結(jié)果表明豬PRDX2基因的5個內(nèi)含子的剪切方式均符合“gt-ag”法則。
　　 2、運用熒光定量RT-PCR分析豬PXDR6基因在不同品種間及不同發(fā)育時期的RNA水平上是否存在差異。實驗結(jié)果表明:大白豬PRDX6基因在RNA水平上出生后4M高表達,和蛋白質(zhì)組學(xué)得到的結(jié)果一致；大白豬PRDX2基因在RNA水平上出生后2M高表達,和蛋白質(zhì)組學(xué)得到的結(jié)果(PR

5、DX2蛋白在胚胎期65天高表達)不一致。
　　 3、運用熒光定量RT-PCR技術(shù)對PRDX2和PXDR6基因進行組織表達譜分析。結(jié)果表明:大白豬PRDX6基因在肝和股二頭肌中高表達,在胃中中度表達,其他組織相對低表達。大白豬PRDX2基因在胃中高表達,肝和腎中中度表達,脾中低表達,在其他組織中相對低表達。
　　 4、對大白和梅山豬PRDX6基因序列對比,發(fā)現(xiàn)編碼區(qū)第4外顯子處有2個潛在的SNPs分別在第417 bp處(C

6、/T突變)和第423 bp處(A/G突變),但均沒有引起氨基酸的變化。采用焦磷酸測序方法對這兩個位點在6個豬種和247頭F2“大白×梅山”資源家系中作了遺傳變異分析和性狀關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明:C417T位點國外品種均以C等位基因為主,國內(nèi)品種均以T等位基因為主,該位點與肌內(nèi)脂肪、肌肉水分相關(guān)；A423G位點國外品種均以A等位基因為主,國內(nèi)品種以G等位基因為主,該位點與失水率、系水力、肌內(nèi)脂肪、肌肉水分相關(guān)。
　　 5、采用PCR方