LncRNA多態(tài)性與骨質(zhì)疏松的全基因組關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、骨質(zhì)疏松癥（osteoporosis，OP）是一種常見的老齡病，由于骨密度和骨質(zhì)量下降、骨微結(jié)構(gòu)破壞、骨脆性增加而易于發(fā)生骨折的全身性骨骼疾病，已經(jīng)成為影響中老年人健康的重要的社會(huì)性問題。近年來(lái)，隨著世界人口老齡化進(jìn)程的加速，骨質(zhì)疏松癥的發(fā)病率也不斷上升，給世界各國(guó)社會(huì)帶來(lái)了壓力，也給國(guó)家財(cái)政帶來(lái)了負(fù)擔(dān)。長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（long noncoding RNAs，lncRNAs），是一類廣泛存在于生物基因組中的的非編碼RNA，轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)于

2、200nt.，其功能多樣、作用機(jī)制復(fù)雜，在人類復(fù)雜疾病中遺傳機(jī)制還需要進(jìn)一步的研究。越來(lái)越多的研究表明lncRNAs在不同的細(xì)胞環(huán)境和各類疾病中扮演著重要的角色。本研究的目的是嘗試鑒定與骨密度(Bone mineral density，BMD)相關(guān)的lncRNA基因多態(tài)性，并探索候選lncRNA位點(diǎn)潛在的生物學(xué)功能。
　　本研究從lncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇了55906個(gè)lncSNPs，用meta7樣本作為發(fā)現(xiàn)樣本(n=1114

3、0)，進(jìn)行腰椎(SPN)、髖關(guān)節(jié)(HIP)和股骨頸(FNK)骨密度表型的全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-wide association study，GWAS)和整合meta分析，再在骨質(zhì)疏松癥協(xié)會(huì)公布的骨密度樣本(GEFOS Sequencing，n=32965)中進(jìn)行驗(yàn)證，嘗試鑒定與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的lncRNA遺傳多態(tài)性。然后，將鑒定的多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行Bonfferoni多重檢驗(yàn)校正，顯著性的閾值為P＜8.94×10-7。用RevMa

4、n繪制森林圖，Haploview進(jìn)行連鎖不平衡關(guān)聯(lián)分析。最后將通過統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)得到的感興趣的候選lncRNA多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行相關(guān)的功能預(yù)測(cè)。
　　我們共鑒定了39個(gè)位于MEF2C-AS1(5q14.3)基因上的lncRNA單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism，SNP)位點(diǎn)與FNK-BMD表型相關(guān)，而且這39個(gè)SNPs都通過Bonfferoni檢驗(yàn)校正，其中，最顯著相關(guān)的SNP是rs6894139(

5、P=3.03×10-9)，在GEFOS Sequencing中驗(yàn)證P值為1.43×10-23。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)這39個(gè)SNP處于高度連鎖不平衡狀態(tài)(r2＞0.80)，一同位于MEF2C-AS1基因右側(cè)的一個(gè)約55 kb的連鎖不平衡區(qū)塊中。另外，發(fā)現(xiàn)LOC100506136(7q21.3)與HIP-BMD關(guān)聯(lián)，其中最顯著的SNP是rs6465531(P=7.43×10-7)。
　　研究結(jié)果表明MEF2C-AS1和LOC100506