醫(yī)學(xué)遺傳資料統(tǒng)計分析方法的研究與SAS實現(xiàn).pdf

1、數(shù)理統(tǒng)計分析方法在醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)的發(fā)展過程中發(fā)揮了不可替代的作用，隨著基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的發(fā)展、遺傳學(xué)實驗技術(shù)的不斷更新，許多遺傳統(tǒng)計分析技術(shù)已經(jīng)成熟，應(yīng)用越來越普及，同時新的分析方法不斷地涌現(xiàn)出來。針對新的、更為復(fù)雜的方法如何運用，成熟、普及方法如何快速實現(xiàn)計算是當(dāng)今醫(yī)學(xué)遺傳科研人員面臨的問題。本研究針對醫(yī)學(xué)遺傳資料統(tǒng)計分析方法進行了比較細(xì)致的研究，特別是遺傳結(jié)果多重比較的校正、多個位點與疾病的關(guān)聯(lián)研究、連鎖分析等問題，通過反復(fù)測算，提出了自己的見

2、解，并將全部方法運用世界權(quán)威的統(tǒng)計分析軟件一SAS軟件，通過調(diào)用過程步、編程實現(xiàn)了計算。
　　 針對目前醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)中主要的統(tǒng)計分析方法，本研究側(cè)重進行了以下幾部分工作：
　　 第一部分；測算基因頻率、基因型頻率以及驗證Hardy-Weinberg平衡定律
　　 哈代-溫伯格平衡定律在遺傳學(xué)的研究中起著非常重要的作用。在對遺傳基因型數(shù)據(jù)進行分析前，最好能夠先檢驗數(shù)據(jù)是否符合哈代．溫伯格平衡定律。本章介紹了哈代-溫伯

3、格平衡定律的基礎(chǔ)理論，并利用軟件計算基因、基因型頻率、驗證哈代-溫伯格平衡定律、利用蒙特卡洛模擬校正概率。
　　 第二部分：運用病例對照方法尋找疾病的關(guān)聯(lián)位點
　　 病例-對照研究是分析流行病學(xué)研究方法中最基本、最重要的研究類型之一，是檢驗病因假說的重要工具。在遺傳流行病學(xué)中，利用病例．對照研究可以找到復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)基因?？刹捎靡话銁2檢驗與Armitage趨勢檢驗。采用一般x2檢驗來求得疾病與某個位點的相關(guān)性，要求檢驗

4、的群體滿足哈代-溫伯格平衡定律。研究表明，如果哈代．溫伯格平衡定律不成立，x2檢驗的第一類錯誤會增加，因此應(yīng)根據(jù)基因型數(shù)據(jù)用Armitage趨勢檢驗來作統(tǒng)計分析。
　　 第三部分：遺傳分析結(jié)果的校正
　　 在病例-對照遺傳流行病數(shù)據(jù)分析過程中，隨著生物技術(shù)的迅速發(fā)展，實驗室快速檢測大量位點已經(jīng)成為常規(guī)手段。對于每一個位點都需要進行統(tǒng)計學(xué)檢驗，如果位點過多，多重比較會導(dǎo)致假陽性率無限增大，從而使得結(jié)論不可信，因此需要對多重

5、比較進行校正，本章運用3種平滑修正的方法，以及校正方法Bonferroni法、Sidak法等。
　　 第四部分：家系數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析
　　 利用家庭成員作為對照是按祖先起源匹配的最好辦法，以遺傳背景一致的家庭成員作為對照，可以很好地解決人群分層問題。根據(jù)家庭成員不同，分析方法也不盡相同。本章對家系病例對照數(shù)據(jù)進行了TDT、s-TDT、SDT檢驗。
　　 第五部分：連鎖不平衡與單體型分析
　　 連鎖不平衡分析

6、、單體型分析是一類對疾病相關(guān)聯(lián)基因進行精確定位的高效的方法，在檢測復(fù)雜疾病基因時起到了巨大的作用。在數(shù)據(jù)收集方面，它不需要收集家系數(shù)據(jù)，這是與家系數(shù)據(jù)疾病關(guān)聯(lián)分析的一個區(qū)別——它的應(yīng)用條件比較寬泛。本章細(xì)致地研究了連鎖不平衡檢測方法、單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析。
　　 第六部分：近交系數(shù)與親緣系數(shù)的計算
　　 近親婚配為非隨機婚配，這類婚配嚴(yán)重影響著群體中的基因平衡法則，導(dǎo)致群體中純合子和雜合子的比率發(fā)生變化。哈代．溫伯格法則

7、僅僅適用于隨機婚配的群體而不適用于這類群體。本章將對近親婚配中近交系數(shù)和親緣系數(shù)進行計算。
　　 第七部分：連鎖分析
　　 個體形成性細(xì)胞過程中，減數(shù)分裂時同源染色體間發(fā)生交換的頻率稱為重組率。重組率的大小與同一條染色體上兩個基因座位距離有關(guān)，一般說距離遠(yuǎn)時發(fā)生交換的機會多，重組率高，若重組率超過0.50，表明這兩個基因座位不在同一條染色體上。重組率比較低，說明兩個基因座位位置比較近，這兩個基因座位上的等位基因傳遞到下一

8、代是不獨立的，這種現(xiàn)象在遺傳學(xué)中稱為連鎖。本章主要介紹貝葉斯方法和蒙特卡洛模擬法估計重組率。
　　 文中采用SAS9.1.3、SAS9.2分析軟件genetics模塊、stat模塊中多個過程步以及編程方法對醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)資料和數(shù)據(jù)進行了統(tǒng)計運算。本文運用了統(tǒng)計模型理論與實例分析相結(jié)合，理論研究與軟件實現(xiàn)結(jié)合，數(shù)學(xué)方法與遺傳實驗技術(shù)結(jié)合的總體思路，按著由簡到繁的過程系統(tǒng)地介紹了各種遺傳統(tǒng)計分析方法，以及統(tǒng)計分析模型及計算原理，尤其對于