基于隨機(jī)微分方程和結(jié)構(gòu)EM算法的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建.pdf

1、在生命科學(xué)中，人們不斷地探索物種之間的進(jìn)化關(guān)系，而系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)成為描述這種進(jìn)化關(guān)系最好的手段之一.隨著許多物種的基因測(cè)序工程的完成和生物技術(shù)的發(fā)展，人類擁有了大量的生物數(shù)據(jù).并且發(fā)現(xiàn)一些同源基因能夠表征物種間的特征.所以人們又將系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建著眼于物種的基因序列.20世紀(jì)80年代以來(lái)，許多分子水平上的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建方法相繼提出，這些方法大多數(shù)是基于合理基因序列之間距離的定義和在距離之下作出一定的假設(shè)來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù). 本文第三

2、章考慮進(jìn)化除了主要受進(jìn)化自身規(guī)律的影響，還受各種內(nèi)、外部因素的影響，這種影響使得進(jìn)化表現(xiàn)出某種波動(dòng)特性，我們近似地認(rèn)為這種波動(dòng)是一個(gè)Brown運(yùn)動(dòng).所以我們借用隨機(jī)微分方程的手段構(gòu)建了序列問(wèn)進(jìn)化的隨機(jī)微分方程的模型.在對(duì)擴(kuò)散函數(shù)，漂移函數(shù)作出限定后，我們用Gibbs抽樣求解該隨機(jī)微分方程. 第四章根據(jù)中性進(jìn)化理論，假設(shè)序列間的進(jìn)化是相互獨(dú)立的，在此基礎(chǔ)上我們考慮這樣的問(wèn)題：如果對(duì)n條DNA序列，我們只知道部分序列之間的距離，如何