全基因組短柄草核心啟動(dòng)子預(yù)測(cè)中的模體發(fā)現(xiàn)研究.pdf

1、近年來(lái)，隨著高通量生物測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，至今已有超過(guò)三百種植物和動(dòng)物基因組完成了測(cè)序工作。盡管這些年來(lái)生物信息學(xué)的研究已經(jīng)取得一些突破，但是人們還遠(yuǎn)遠(yuǎn)沒(méi)有掌握這些已測(cè)序生物的生理功能。所以科研人員將關(guān)注點(diǎn)放在了識(shí)別這些基因組的功能序列元件上，因?yàn)橐坏┻@些功能序列元件被掌握，生物的生長(zhǎng)、進(jìn)化、疾病等生理過(guò)程也就能夠被更深入地了解。而被轉(zhuǎn)錄因子所識(shí)別的順式調(diào)控結(jié)合位點(diǎn)（又叫做模體）正是在基因表達(dá)過(guò)程中起關(guān)鍵作用的元件。因此，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位

2、點(diǎn)模體發(fā)現(xiàn)問(wèn)題成為生物信息學(xué)中的熱點(diǎn)問(wèn)題。
　　2001年短柄草第一次被提出建議作為模式生物來(lái)研究，2010年短柄草基因組測(cè)序完畢，實(shí)踐證明，短柄草在基因規(guī)模和植物特性方面都適合作為新的模式生物來(lái)研究。
　　在以上研究背景下，本文提出了一種新的研究思路和方法，以短柄草全基因組范圍內(nèi)的核心啟動(dòng)子為主要研究對(duì)象，以水稻、高粱、玉米、狗尾草、擬南芥為參考基因組，進(jìn)行了模體發(fā)現(xiàn)研究。在本文的研究方法中，對(duì)傳統(tǒng)的BLAST計(jì)算同源基因