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文檔簡介
1、重慶郵電大學碩士學位論文基于logistic回歸分析的P53下游基因判別分析模型姓名:白明澤申請學位級別:碩士專業(yè):計算機應用技術指導教師:譚軍20060610重慶郵電大學碩士論文摘要AbstractP53proteinisageneraltranscriptionfactorwhichCallaccomplishmanyphysiologicalfunctionsthroughregulatingdownstreamgenes’exp
2、ressionThosefunctionsmostlyrelatedtonegativeregulatingthecellcycle,replication&repairofDNA,apoptosis,restrainingthegrowthofbloodvesselandresponsetocelltressResearchesonp53indicatethatp53isa11importanttumorsuppressorgene,
3、definingthecompletegeneregulatorynetworkistheultimatechallengetop53biologyAbout100humangeneswhoseexpressionispositivelyregulatedbyp53havebeenidentifiedAlthoughthenumberofidentifiedP53downstreamgeneskeepsgrowing,itisconce
4、ivablethatlargefractionoftheP53downstreamgeneshavenotyetbeenidentifiedDuetobiologyexperimentstoidentifythosegenesistediousandexpensiveAcomputationalmethodwhichsynthesistheknownP53downstreamgenes’featureiseconomicandeffec
5、tiveforidentifyingtheotherswhichhavenotbeenidentified,andwillbringbreakthroughinthisareaInthispapertotal63humanP53’Sbindingsequencesand13clonesequenceswhichcailbindwitllP53identifiedinE1一Deiry’Sexperimenthasbeencollected
6、AdiscriminantanalysismodelforP53downstreamgenesbasedonlogisticregressionanalysisisproposedThecandidatefeaturesofprimarysequencearecalculatedbyselectingpropermodelsincludingPWMmodel,frequencydistributionmodel,consensusseq
7、uencemodelandthelengthofinsertsequenceinthemotifInviewoftheP53bindingsequences’particularitytwoPWMmatricesareadoptedtomodelingthetwodecamersineverymotifandacrossvalidatemethodisusedtoaffirmthemotifineveryknownbindingsequ
8、enceThenthosemotifs’featuresareconsideredastheobjectsofthelogisticregressionanalysisThroughastepwiseselectionprocessofferedbySPSS,theoptimalfeaturesincludingthetwodecamers’PWMscorearedeterminedfromcandidatefeaturesetsThe
9、modelhasbeentrainedandtestedontheselectedpositiveandnegativedatasetsbythejackknifemethod,andtheaveragepredictionaccuracyis9391%TheresultsindicatethatOurmethodisauniversalalgorithmthatoutperformsmostofthesimpleapproachesF
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