蛋白質(zhì)局部結(jié)構(gòu)-局部序列統(tǒng)計(jì)勢(shì)的構(gòu)建以及RNA結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè).pdf

1、在本文中，我們?cè)O(shè)計(jì)了～個(gè)普適的統(tǒng)計(jì)勢(shì)函數(shù)來(lái)評(píng)價(jià)蛋白質(zhì)局部結(jié)構(gòu)和局部序列之間的相關(guān)性。首先我們對(duì)天然蛋白中所有的五個(gè)殘基長(zhǎng)度的片段進(jìn)行分簇。這個(gè)分簇是基于殘基片段的構(gòu)象(局部結(jié)構(gòu)字母類型)，二級(jí)結(jié)構(gòu)類型及溶劑可接近性來(lái)進(jìn)行的。然后對(duì)于每一個(gè)簇，可以統(tǒng)計(jì)得到其天然的氨基酸概率分布。根據(jù)這個(gè)氨基酸概率分布，我們可以得到給定結(jié)構(gòu)下其序列的統(tǒng)計(jì)勢(shì)。這個(gè)氨基酸概率分布，也可以通過(guò)使用數(shù)據(jù)集片段逐個(gè)匹配的方法來(lái)得到給定序列下其結(jié)構(gòu)的統(tǒng)計(jì)勢(shì)。同前人的局

2、部統(tǒng)計(jì)勢(shì)函數(shù)模型不同的是，我們整合考慮了局部環(huán)境，而且使用的是片段作為結(jié)構(gòu)單元而不是單個(gè)的殘基，這樣做的好處是不僅可以包含相鄰殘基的關(guān)聯(lián)性，還可以包含相鄰(重疊)片段之間構(gòu)象的強(qiáng)相關(guān)性。我們主要進(jìn)行了片段threading，贗序列設(shè)計(jì)，局部結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等測(cè)試。在這些測(cè)試中，我們的統(tǒng)計(jì)勢(shì)相對(duì)與現(xiàn)有的其他統(tǒng)計(jì)勢(shì)函數(shù)得到了相似甚至更好的性能。這也證明了整合考慮環(huán)境因素來(lái)獲得統(tǒng)計(jì)勢(shì)的優(yōu)越性，同時(shí)也說(shuō)明這個(gè)統(tǒng)計(jì)勢(shì)在序列設(shè)計(jì)和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等方面是具有廣闊的

3、應(yīng)用前景的。 RNA結(jié)合蛋白(RNA-bindingproteins(RBPs))同RNA的結(jié)合在調(diào)節(jié)細(xì)胞的基本功能中起著重要作用。有一些計(jì)算方法通過(guò)使用一些序列或者結(jié)構(gòu)－生成的特征來(lái)預(yù)測(cè)RNA結(jié)合位點(diǎn)。為了得到更高的預(yù)測(cè)性能，需要對(duì)現(xiàn)今的預(yù)測(cè)方法有進(jìn)一步的提高。我們也發(fā)現(xiàn)RNA結(jié)合位點(diǎn)和非RNA結(jié)合的結(jié)構(gòu)鄰居的氨基酸組成是不一樣的。結(jié)合這個(gè)結(jié)構(gòu)生成的特征以及進(jìn)化和其他結(jié)構(gòu)信息后發(fā)展的預(yù)測(cè)RNA結(jié)合位點(diǎn)方法，同其他現(xiàn)有的方法相比