視網(wǎng)膜色素變性基因RP26的定位與克隆研究.pdf

1、復(fù)旦大學(xué)博士學(xué)位論文視網(wǎng)膜色素變性基因RP26的定位與克隆研究姓名：吳學(xué)軍申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：遺傳學(xué)指導(dǎo)教師：談家楨;柴建華2000.5.1，T h e L o c a l i z a t i o na n d C l o n i n g o f R e t i n i t i s P i g m e n t o s aG e n e R P 2 6D u r i n gt h et e n y e a r se f f o r t

2、 o fh u m a ng e n o m ep r o j e c t ，p o s i t i o n a l c l o n i n gi s a l w a y sa ne f f e c t i v em e t h o d t oc l o n eh u m a nd i s e a s eg e n e s ．U pt mn o w , a b o u t1 0 8d i s e a s eg e n e sh a v

3、eb e e nc l o n e dv i at h et y p i c a lp a t h w a yo f p o s i t i o n a l c l o n i n g ——l o c a l i z a t i o no nac e r t a i nc h r o m o s o m er e g i o n ，g e n o m i ca n a l y s i sa n de D N A a n a l y s

4、i sf o r t h ec a n d i d a t eg e n e sw i t h i n t h ec a n d i d a t er e g i o na n d m u t a t i o n d e t e c t i o nf o rc o r r e l a t e d d i s e a s eg e n e s a f t e r w a r d s ．R e t i n i t i sp i g m e

5、n t o s a i sr e t i n a ld e g e n e r a t i o nd i s o r d e r w i t hg e n e t i c h e t e r o g e n e i t y ．n l i ss t u d ye m p h a s i z e s o nA 眥1 1 1 e b l o o d s a m p l e so f 5A R R P f a m i l i e sw e r

6、ec o l l e c t e d i nS h a n g h a i a r e aa n dn e a r b y p r o v i n c e s ．A f t e r t w o - p o i n t l i n k a g ea n a l y s i sw i t h a l lk n o w n A R R P l o c ib y L i n k a g e p r o g r a m ，t h r e eo f

7、 t h e s ef i v ef a m i l i e sg a v eo u ts e v e r a lp s e u d o - p o s i t i v el o c ib e c a u s et h ef a m i l ys i z ea r en o tb i ge n o u g h ．A n o t h e r f a m i l yd o e s n ’tl i n kw i t ha n yk n o w

8、 n A R R P l o c i ，m a y b ei t i s an e w A R R Pl o c u s ．a(chǎn) n df u r t h e rs t u d ys h o u l db ed o n eb yw h o l eg e n o m es c a n n i n g ．T h eo t h e rf a m i l yw i t h3a f r o c t e da n d 5u n a f i e c t

9、 e di n d i v i d u a l sg a v e o u tM a x L O d S c o r e o f1 ．7 0a tD 2 S 3 6 4 w h e n 0 = 0 ．0 0 ．1 2m o r e m i c r o s a t e l l i t em a r k e r sw e r ec h o s e nb e s i d eD 2 S 3 6 4 a n df n r t h e rm u l

10、t i p o i n ta n a l y s i sw a sp e r f o r m e d w i t hG e n e h u n t e r p r o g r a mT h e h a p l o t y p e d e m o n s t r a t e st h a tt h ec a n d i d a t ed i s e a s eg e n el o c a t e s b e t w e e nD 2 S

11、3 3 5a n dD 2 S 2 3 6 6 ．P r e v i o u ss t u d yr e p o r t e d t h a t t h e R P 2 6g e n e l o c a t e sb e t w e e nD 2 S 1 4 8a n dD 2 S 1 1 7b yaS p a n i s hr e s e a r c hg r o u p ．C o m b i n i n gt h ep r e v

12、i o u sr e p o r ta n dt h i ss t I l d y ，t h er e f i n e dl o c a t i o no f R P 2 6 i sb e t w e e n D 2 S 1 4 8a n dD 2 S 2 3 6 6 ，a r e g i o na p p r o x i m a t e3 ．9c M ．G e n e M a p 9 9 p r o v i d e sa l lt h

13、 ei n f o r m a t i o na b o u tk n o w n E S “ I sa n d p r o t e i n s ．I n t e g r a t i o no fw h o l el o n ge D N A t h a ts t a r t sf r o mE S T s e x p r e s s i n gi nr e t i n aw i t h i nt h i sr e g i o nd o

14、 e s n ’ts u c c e s s ．A f t e r c a r e f u le v a l u a t i o n o f a l lt h ek n o w n p r o t e i n sw i t h i n t h i sr e g i o n , F r z bg e n ew a s c h o s e n t ob et h ef i r s tc a n d i d a t et op e r f o

15、 r m m u t a t i o nd e t e c t i o n ．A sg e n o m i c s e q u e n c i n gh a s n o tb e e nc o m p l e t e di nt h i sr e g i o n ，o n l yo n e - p a s sc o n t i gs e q u e n c e sw e r ef o u n di nh t g sd a t a b a

16、 s ew i t hF r z bm R N A a sq u e r yb y b l a s tp r o g r a m ．T h eg e n o m i cs e q u e n c eo f t h i sg e n ei sa l s on o ti n t a c tw i t h3 ’t e r m i n a li sm u c h b e R e rt h a n5 ’t e r m i n a l ．T h e

17、3 ’t e r m i n a lo fF r z bg e n ei s e n c o d e db y4e x o n s ．P r i m e r sf o rt h e s e4e x o n sw e r ed e s i g n e da n d n om u t a t i o n sw e r ed i s c o v e r e da f t e rm u t a t i o nd e t e c t i o n

18、．T h e5 ’t e r m i n a li s m o r ec o m p l e x ，f o ri t d i s p e r s e si nt w oc o n t i g sa n d i s d i v i d e di n t ot h r e ep a r t s ，w h i c hs e e mt o b e t h r e e e x o u s ．P r i m e r sw e r ed e s i

19、g n e dw h i l ea f t e rP C R n od e s i r e d f r a g m e n t sw e r eo b s e r v e d ．A sF r z b g e n ei s ah u m a n o r t h o l o go f d r o s o p h i l af r i z z l e dg e n e ，i tc a n b ep o s t u l a t e dt h a

20、 tt h eh o m o l o g i c r e g i o n o f h u m a n f r z ba n dd r o s o p h i l af r i z z l e dg e n ea ∞a l le n c o d e d b yo n ee x o n ．Ap a i r o fp r i m e r sw a ss y n t h e s i z e dw h i c hi n c l u d e t h

21、 eh o m o l o g i cr e g i o n ，a n dt h e P C R p r o d u c ts e q u e n c i n gs u g g e s t s t h a t 5 ’t e r m i n a li s e n c o d e db yo n l yo n eo rt w oe x o n s ．T h e nt w op o s s i b l ee x c i s i o nm o

22、d e l so ff r z bg e n ew e r e p o s t u l a t e d ．A f t e r w a r d sm u t a t i o nd e t e c t i o no ft h i sr e g i o nw a sp e r f o r m e d w i t h t h i s p a i r o f p r i m e r s ．A p o l y m o r p h i s m o f

23、 C t o G w a s f o u n d w h i c h r e s u l t s i n a n A s ht oG l y ．T h u st h ew h o l e c o d i n gr e g i o no f f r z bg e n e e x c e p t6 9 1 —7 3 4r t h en u c l e o t i d en u m b e r o f f r z bm R N A ) h a

24、 s b es c r e e n e d w i n l n o m u t a t i o n ．M o d e lo r g a n i s m g e n o m e p r o j e c ti s a l w a y sa nu n s e p a r a b l ep a r to f h u m a n g e n o m e p r o j e c t ．A sf o rd r o s o p h i l a ，i t

25、 h a sa l w a y sb e e na ne x c e l l e n tm o d e la f t e r 1 9 1 0f o rs c i e n t i s t st o p e r f o r mg e n e t i ca n a l y s i s ．Al o to f l o c ih a v eb e e nm a p p e d o nc h r o m o s o m e so f d r o s