幾種模式生物密碼對的使用和基因組進化.pdf

1、本文共三章:第一章研究了大腸桿菌和釀酒酵母全基因組中密碼對的使用,通過密碼對的觀察值與隨機期望值的比較,發(fā)現(xiàn)密碼對的使用有很強的偏好性,密碼對的觀察值與期望值的分布是隨機的;此外,按照Boycheva定義的標準(△REG)研究了密碼對的使用與基因表達水平的關系,發(fā)現(xiàn)酵母與大腸桿菌兩類生物的密碼對使用與基因表達水平的關系是相似的;高表達基因偏好△REG為正值的密碼對,而低表達基因偏好△REG為負值的密碼對。通過曲線的相似性分析,可以推測,

2、真核生物釀酒酵母與原核生物大腸桿菌在密碼對的使用上,其機理是相似的。第二章研究了9種模式生物密碼對的使用與生物進化的關系,以三種古核菌、三種原核生物、三種真核生物基因組為樣本,分別分析了編碼序列中密碼對、基因間序列中三聯(lián)體對的模式數(shù)目隨其頻數(shù)的分布,驗證了這種分布是Г(α,β)分布。編碼序列的分布參數(shù)α和β與基因組進化相關,基因間序列的分布參數(shù)α與進化的相關性與編碼序列不同。發(fā)現(xiàn)古菌的編碼序列進化與原核生物編碼序列進化很接近,但基因間序