microRNA進(jìn)化關(guān)系及編碼特性研究.pdf

1、microRNA是一類內(nèi)源性的長度在22個核苷酸左右的非編碼小分子RNA，它們廣泛存在于真核生物基因組中。成熟的microRNA是由莖環(huán)結(jié)構(gòu)前體pre-miRNA加工而來。microRNA基因具有三大生物學(xué)特性：保守性，基因成簇存在和時空特異性表達(dá)。成熟microRNA通過翻譯抑制和靶mRNA降解兩種機(jī)制來調(diào)控基因表達(dá)，在動植物的生長發(fā)育，細(xì)胞的增殖與死亡，細(xì)胞分化及腫瘤治療等多種領(lǐng)域發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。近年來，microRNA基因及

2、其靶基因的預(yù)測是對microRNA進(jìn)行研究的熱點(diǎn)。本論文獨(dú)辟蹊徑，從成熟microRNA序列出發(fā)，旨在探尋microRNA的進(jìn)化特性和序列特征。全文分為三部分： 第一部分對microRNA的生物學(xué)特性，合成過程，作用機(jī)制，功能及現(xiàn)階段研究方法進(jìn)行綜述。 第二部分分別運(yùn)用Pearson相關(guān)系數(shù)，Spearman相關(guān)系數(shù)和物種距離定義構(gòu)建模糊等價矩陣，由此得到18個物種的分子進(jìn)化樹。所得的三種microRNA進(jìn)化樹與物種實(shí)際

3、進(jìn)化關(guān)系相當(dāng)，其中，又以核苷多聯(lián)體的Spearman相關(guān)和物種距離定義所得進(jìn)化樹與實(shí)際進(jìn)化關(guān)系最為接近。 第三部分運(yùn)用二項(xiàng)式分布的判定方法在不同置信度上尋找microRNA的8-mer編碼方式，包括從橫向?qū)ふ椅锓N特異的編碼方式和從縱向?qū)ふ壹易逄禺惖木幋a方式，同時對家族序列的位點(diǎn)信息進(jìn)行挖掘。由此得到的物種特異碼字和家族特異碼字便構(gòu)成了完整的8-mer碼字表。另外，從家族的D<,1>,D<,2>分布圖可以看出，microRNA的前