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文檔簡介
1、MicroRNA 是一類重要的小分子RNA,其在后轉錄階段調控靶標基因的表達,識別microRNA的靶標基因是認識其調節(jié)功能的關鍵。由于傳統(tǒng)的實驗方法存在費時耗財?shù)戎T多問題,采用計算的方法則成為識別microRNA 靶標基因的有效途徑之一。目前雖然已研制了多個microRNA 靶標基因的預測軟件,但是預測軟件的性能測評標準卻各不相同。為此進行了microRNA 靶標預測軟件的測評及靶標基因特征分析的研究。
首先針對micr
2、oRNA 靶標基因預測軟件測評標準不一致的問題,采用了生物信息學研究中廣泛使用的預測軟件評價參數(shù)(敏感度、假陽性率、信噪比),在質量可靠的Tarbase數(shù)據集上測評了5個知名的microRNA 靶標基因預測軟件。測試結果顯示預測軟件的預測精度普遍偏低。對于保守基因的預測,敏感度最高為0.474,而對于非保守基因的預測,最高敏感度僅為0.332。根據各軟件的預測結果和特點,進一步提出了使用microRNA 靶標基因預測軟件的基本建議。
3、r> 然后對microRNA 靶標基因的轉錄特征進行了分析?;贓nsembl,Vega等注釋數(shù)據庫提供的基因注釋信息,分析了Tarbase中靶標基因的可變剪切轉錄本數(shù)目的情況,發(fā)現(xiàn)靶標基因有非常顯著的傾向轉錄多個可變剪切轉錄本,其p-value為1.43E-51。進一步分析了靶標基因與可變polyA位點之間的關聯(lián)性,同樣發(fā)現(xiàn)兩者之間關聯(lián)的統(tǒng)計結果具有顯著性,其p-value為9.27E-25。分析結果顯示靶標基因與選擇性剪切機制
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