基于剛體動力學模型對我肽折疊的分子動力學模擬.pdf

1、蛋白質(zhì)折疊的研究是生命科學的前沿課題之一，近些年來除了常規(guī)方法和技術(shù)手段，利用計算機進行分子動力學模擬已經(jīng)成為研究蛋白質(zhì)折疊的一種重要研究手段。但是許多人們感興趣的生物現(xiàn)象都發(fā)生在毫秒甚至更長的時間內(nèi)，而對于較大的生物體系的全原子模擬時間卻很難達到。為了克服這個困難，同時又要保證計算精度，已經(jīng)有很多理論方法被提出，如粗粒化方法和剛體動力學方法。本文我們針對不同的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)建立了合適的剛體動力學模型，然后利用TINKER軟件包模擬蛋白

2、質(zhì)的折疊過程。本文的主要內(nèi)容包括：
　　 (1)對丙氨酸飽和多肽鏈的折疊進行分子動力學模擬，根據(jù)丙氨酸飽和多肽鏈的分子結(jié)構(gòu)劃分了兩種剛體結(jié)構(gòu)，基于剛體動力學模型對17個丙氨酸飽和多肽鏈的折疊做分子動力學模擬，并選擇在五種不同的力場(AMBER99、CHARMM27、OPLSAA、AMBER99SB和AMOEBAPRO)下分別進行。然后改變丙氨酸飽和多肽鏈中丙氨酸殘基的數(shù)目，選擇9個和13個丙氨酸飽和多肽鏈基于剛體動力學模型進行相

3、同條件下的分子動力學模擬。需要注意的是這里所有剛體動力學的模擬結(jié)果都要與全原子模擬結(jié)果做對比，基于不同剛體結(jié)構(gòu)的動力學模擬結(jié)果也要相互進行對比研究。結(jié)果表明剛體動力學模型對丙氨酸飽和多肽鏈折疊的模擬不僅與剛體結(jié)構(gòu)劃分、力場的選擇有關(guān)，還與殘基數(shù)目的多少有關(guān)。另外剛體動力學模擬在計算速度方面要比全原子模擬快。
　　 (2)為了進一步拓展剛體動力學模型，本文又對2I9M飽和多肽鏈的折疊進行了分子動力學模擬，根據(jù)2I9M飽和多肽鏈的分