基于SANDX-2序列變異和SLA-DQB第2外顯子的PCR-SSCP分析中國(guó)大陸地區(qū)野豬種群遺傳多樣性.pdf

1、野豬(Sus Scrofa)是家豬的祖先，主要分布于亞洲、歐洲及非洲的大部分地區(qū)。本文首先對(duì)單拷貝核DNA標(biāo)記(single copy nuclear DNA，scnDNA)在種群遺傳學(xué)研究中的應(yīng)用進(jìn)行綜述，然后分別基于SANDX-2序列變異和SLA-DQB第2外顯子的PCR-SSCP帶型，初步分析中國(guó)大陸地區(qū)野豬種群的遺傳多樣性，并對(duì)影響SLA-DQB進(jìn)行SSCP分型的實(shí)驗(yàn)因素進(jìn)行了優(yōu)化。具體內(nèi)容如下： 1、研究測(cè)定了89個(gè)

2、中國(guó)野豬和1個(gè)家豬未知功能核基因SANDX-2位點(diǎn)的序列。序列比對(duì)后長(zhǎng)510bp左右，發(fā)現(xiàn)有2處4種類型堿基缺失，30個(gè)位點(diǎn)發(fā)生堿基替換，共定義了19種單元型。在野豬中共發(fā)現(xiàn)18種單元型，其中7種只在某一地方種群中發(fā)現(xiàn)，11種為地方種群間共享單元型。用鄰接法基于核苷酸Kimura2-parameter模型構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中，19種單元型被明顯分為2大支，但各枝得到的自展值均較低，且各亞種中出現(xiàn)的單元型散布在不同的進(jìn)化枝中。結(jié)果表明SAND

3、X-2位點(diǎn)的單元型在中國(guó)野豬中未形成明顯的地理分布格局。若不考慮堿基的插入／缺失，用TCS構(gòu)建19種單元型網(wǎng)絡(luò)表明，單元型HAP2可能為一古老單元型，其他為衍生單元型。 2、研究?jī)?yōu)化了PCR-SSCP分型條件后，采用PCR-SSCP方法對(duì)中國(guó)野豬5個(gè)地方種群的41個(gè)個(gè)體的SLA-DQB外顯子2進(jìn)行分型。PCR-SSCP分型后共獲得8個(gè)等位基因，發(fā)現(xiàn)15種標(biāo)記帶型，分別為AA、AB、BB、AC、AE、AH、BD、BF、BG、BH、

4、DD、DG、DH、GG、EE。在鄂倫春地方種群中有6種帶型，分別為AB，AE，AA，AC，EE和BB；紅星地方種群中有4種帶型，分別為AB，DH，BH和BB；古縣地方種群中有3種帶型，分別為AB，BB和AA；寶雞地方種群有7種帶型，分別為BB，BD，BF，BG，DG，GG和DD；金寨地方種群有3種帶型，分別為AB，BH和AH。在8個(gè)等位基因中，等位基因B廣泛分布在各個(gè)地理種群中。在中國(guó)野豬中，SLA-DQB外顯子2等位基因的平均期望雜合