SNP全基因組芯片檢測(cè)在骨髓增生異常綜合癥診治中的價(jià)值.pdf

1、研究目的：
　　1.利用 SNP全基因組芯片（ SNP-array）對(duì)骨髓增生異常綜合癥（myelodysplastic syndromes,MDS）患者進(jìn)行全基因組范圍DNA拷貝數(shù)的變異(Copy number variation, CNV)和單親二倍體（uniparental disomy,UPD）的檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)MDS患者的CNV及UPD的特點(diǎn)及這些異常所屬的染色體部位，明確基因芯片檢測(cè)到的異常與 MDS臨床之間的關(guān)系，并將其與

2、再生障礙性貧血(aplastic anemia，AA)、免疫相關(guān)性血細(xì)胞減少（immunorelated pancgtopenia,IRP）及急性髓細(xì)胞白血?。ˋcute myeloid leukemia，AML）進(jìn)行對(duì)比，進(jìn)一步明確基因芯片檢測(cè)在MDS患者診斷方面的特異性以及敏感性，從而提升MDS的診斷水平。
　　2.對(duì)于 SNP全基因組芯片檢測(cè)存在異常的 MDS患者，進(jìn)一步追蹤觀察其治療效果，并與芯片檢測(cè)正常的患者進(jìn)行比較，證

3、明利用 SNP全基因組芯片檢測(cè)染色體的異常在MDS患者預(yù)后當(dāng)中的應(yīng)用價(jià)值。
　　研究方法:
　　1.采集2013年4月至2016年3月于天津市第一中心醫(yī)院的血液科進(jìn)行就診的128例患者的骨髓，其中MDS患者58例，依修訂的國(guó)際預(yù)后積分系統(tǒng)對(duì)患者進(jìn)行分組[1]，分為高危組患者29例，低危組患者29例；急性髓細(xì)胞白血病（AML）43例；再生障礙性貧血（AA）13例；免疫相關(guān)性血細(xì)胞減少(IRP)14例。收集所有患者全基因組DNA

4、，應(yīng)用Affymetrix公司的Cytoscan750K SNP芯片進(jìn)行檢測(cè)。
　　2.Cytoscan750K芯片的檢測(cè)結(jié)果使用GCS3000DXV系統(tǒng)進(jìn)行分析，得到患者的全基因組DNA拷貝數(shù)的異常，包括擴(kuò)增（gain）和缺失（deletion），同時(shí)檢測(cè)UPD。
　　3.總結(jié)MDS患者染色體CNV及UPD的特點(diǎn)，并與AA、IRP及AML患者的異常進(jìn)行對(duì)比，同時(shí)將芯片檢測(cè)存在異常的患者與正?；颊哌M(jìn)行比較，觀察其在治療轉(zhuǎn)歸及

5、預(yù)后方面有無(wú)差異。
　　研究結(jié)果：
　　1、AA及IRP組SNP全基因組芯片檢測(cè)顯示染色體無(wú)異常改變，而低危組MDS、高危組MDS異常檢出率分別為45％、52%，AML的異常檢出率最高，結(jié)果為56%，但三者進(jìn)行比較無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
　　2、在58例MDS患者的檢測(cè)結(jié)果中，拷貝數(shù)擴(kuò)增最多，共有102處，其次是UPD共有95處，而缺失有76處，分組比較的結(jié)果顯示：在低危組和高危組兩組患者中，擴(kuò)增和缺失的發(fā)生率無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，而

6、 UPD的異常在高危 MDS患者更常見(jiàn)（P<0.05）。
　　3、MDS患者染色體異常的分布情況顯示，擴(kuò)增常見(jiàn)于1、8、14號(hào)，缺失常見(jiàn)于5、7、17、18號(hào)染色體，而UPD的分布不具有重現(xiàn)性。同時(shí)檢測(cè)到具有重現(xiàn)性異常的意義不明的CNV：擴(kuò)增常見(jiàn)于17號(hào)，缺失常見(jiàn)于2、6、7、19號(hào)染色體，UPD常見(jiàn)于2、3、11、14、19及X染色體，特別是在X染色體上見(jiàn)有大量意義不明的UPD分布。
　　4、在58例MDS患者中， SNP

7、全基因組芯片與常規(guī)的G顯帶染色體核型檢測(cè)相比較能夠提供更多更全面的遺傳學(xué)信息。在 MDS患者中應(yīng)用常規(guī)顯帶技術(shù)進(jìn)行染色體核型分析，低危和高?；颊邫z出核型異常的比例分別為17%和21%，與SNP全基因組芯片相結(jié)合，異常檢出率分別提高至45%和52%。SNP芯片與核型分析相結(jié)合，58例患者中有28例（48%）檢測(cè)到異常，而單純應(yīng)用核型分析僅有11例（19%）患者檢測(cè)異常，二者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P<0.01）。而AML組患者亦是如此（P<

8、0.01）。
　　5、在28例常規(guī)染色體核型分析正常的患者中，有6例患者應(yīng)用SNP基因芯片檢出有意義的染色體異常，均為接受標(biāo)準(zhǔn)治療方案進(jìn)行治療，此6例患者的治療效果均不佳。
　　研究結(jié)論：
　　1、Cytoscan750K SNP芯片可以用于檢測(cè)MDS患者分子遺傳學(xué)的異常，用于在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)染色體的擴(kuò)增、缺失及UPD，為MDS詳細(xì)精準(zhǔn)診斷提供幫助。
　　2、不同預(yù)后分組的MDS患者SNP全基因組芯片陽(yáng)性率有