基于二級(jí)結(jié)構(gòu)的microRNA關(guān)聯(lián)分析及位點(diǎn)研究.pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃的完成，生物數(shù)據(jù)增長(zhǎng)的速度非?？臁鹘y(tǒng)的生物實(shí)驗(yàn)的方法在龐大的數(shù)據(jù)前顯得十分乏力。如何快速而又準(zhǔn)確的利用生物信息學(xué)方法準(zhǔn)確，高效的從生物數(shù)據(jù)中挖掘內(nèi)在生物特征和規(guī)律，成為當(dāng)前的熱門(mén)話題。近年來(lái)，由于miRNA在生物發(fā)育、成長(zhǎng)過(guò)程中起著重要的調(diào)控作用，miRNA的研究得到廣泛的關(guān)注。各種生物信息學(xué)的應(yīng)用miRNA的研究，包括miRNA預(yù)測(cè)，靶基因的預(yù)測(cè)，二級(jí)結(jié)構(gòu)的研究等，獲得很好的效果。
　　 本文通過(guò)深入分析已

2、有miRNA的建模方法，總結(jié)前人的miRNA的研究的優(yōu)勢(shì)和不足上，提出兩種miRNA建模方法。一種是利用莖區(qū)和環(huán)區(qū)對(duì)miRNA建模，只關(guān)心在各個(gè)莖區(qū)和環(huán)區(qū)里堿基的個(gè)數(shù)。另一種是考慮在各個(gè)位點(diǎn)上，出現(xiàn)某種特定堿基和結(jié)構(gòu)。
　　 本文針對(duì)現(xiàn)有的方法對(duì)miRNA之間相互作用關(guān)系研究不足，提出一種結(jié)合二級(jí)結(jié)構(gòu)和聯(lián)合熵的方法來(lái)挖掘相互作用miRNA對(duì)。通過(guò)利用二級(jí)結(jié)構(gòu)，保證本文的方法在生物上更加準(zhǔn)確。利用RMS來(lái)度量miRNA的結(jié)構(gòu)相似性

3、。利用聯(lián)合熵的方法來(lái)找出可能有重要的相互作用的miRNA對(duì)。文中最后利用閾值的方法，去掉不重要的相互作用的miRNA對(duì)，提高了算法的效率。并通過(guò)大量實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，本文的方法不僅能夠能找到已知的相互作用miRNA，而且可以發(fā)現(xiàn)一些未知的但是可能存在重要的相互作用的miRNA，通過(guò)和現(xiàn)在流行的序列比對(duì)算法對(duì)比，表明本文的算法在時(shí)間復(fù)雜度上更優(yōu)于現(xiàn)有的算法。
　　 本文針對(duì)現(xiàn)有算法對(duì)成熟體miRNA位點(diǎn)研究的不足，提出一種利用信息熵來(lái)分析