基因互作探測的統(tǒng)計方法研究.pdf

1、這篇博士論文主要研究探測基因與基因互作的統(tǒng)計遺傳學方法，提出了研究基因與基因互作的非參數(shù)統(tǒng)計模型，并且開發(fā)了相應(yīng)的生物信息學分析軟件GMDR。在研究的過程中，我們將以煙草作為主要的實例，特別是人類對尼古丁依賴性將被重點研究。
　　 論文共分五章。
　　 第一章為引導和概述。
　　 第二章進行了APBB1基因的關(guān)聯(lián)分析。我們選取了5枚位于基因內(nèi)的SNP標記。統(tǒng)計分析表明，APBB1與SQ，HIS，以及FrND存在關(guān)

2、聯(lián)。在混合樣本中，rs4758416與尼古丁依賴性顯著相關(guān)。單體型分析篩選到rs4758416-rs10839562-rs1079199組成的單體型C-G-T和G-G-T，分別達到0，01顯著水平。此外，rs10839562-rs1079199-ts8164組成的單體型C-T-G與HSI關(guān)聯(lián)。
　　 第三章在家系試驗設(shè)計基礎(chǔ)上，發(fā)展了探測“基因與基因”互作的FGMDR(Family-based Generalized MDR)。

3、在其框架內(nèi)可處理數(shù)量性狀與質(zhì)量性狀，且可用協(xié)變量矯正表型，從而提高功效和準確率。相比此前提出的PGMDR方法，F(xiàn)GMDR具有相似統(tǒng)計功效和預測效果，且FGMDR運算量較小，節(jié)約運算時間。
　　 第四章探討如何設(shè)計基于群體的基因互作探測試驗。我們發(fā)現(xiàn)已報道的例子中準確率一般都富集在0.56～0.65之間，約可推算對應(yīng)的遺傳率約在0.01～0.05之間。在這個準確率的區(qū)間內(nèi)，假設(shè)了各種互作模型。大量模擬研究表明，當準確率在0.56～