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1、目前QTL定位通常使用基因型與表型值之間的關(guān)聯(lián)來(lái)定位QTL。這種方法在QTL的效應(yīng)比較低的情況下檢測(cè)的power值很低,QTL的定位精度也很難達(dá)到克隆基因的精度。雖然可以利用特殊的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)進(jìn)行精細(xì)定位,提高QTL定位精度,但是精細(xì)定位的成本巨大。 為了改善上述問(wèn)題,本文考察了一種新的定位QTL的方法,即用等位基因頻率的改變來(lái)定位QTL。試驗(yàn)考察了零假設(shè)和備擇假設(shè)下等位基因頻率的變化。備擇假設(shè)分別考察了在近交系形成的基礎(chǔ)群和遠(yuǎn)交群
2、體中實(shí)施選擇的情況。第一種情況分別檢測(cè)了一個(gè)性狀選擇標(biāo)記就是QTL,多標(biāo)記染色體及同時(shí)對(duì)4個(gè)性狀進(jìn)行選擇的power。第二種情況檢測(cè)了一個(gè)座位多等位基因時(shí)本方法的power。 試驗(yàn)?zāi)M了經(jīng)過(guò)10代選擇后群體的等位基因頻率的變化。零假設(shè)下考察10個(gè)世代隨機(jī)交配后等位基因頻率的變化范圍,并通零假設(shè)下分布確定閾值。只考察一個(gè)位點(diǎn)時(shí),分別使用Wright-Fisher模型,Kimura的近似計(jì)算公式和gene-dropping三種方法來(lái)
3、確定閾值。模擬一條染色體上單個(gè)等位基因頻率變化的閾值時(shí)只用gene-dropping法確定閾值。此時(shí)閾值隨著染色體上標(biāo)記數(shù)目的增加而增大。如染色體上有1、11、21、101個(gè)標(biāo)記,1%顯著水平臨界值分別為(0.24,0.76),(0.21,0.79),(0.20,0.80),(0.18,0.82)。 備擇假設(shè)首先考察了單位點(diǎn)和染色體上多標(biāo)記兩種情況下經(jīng)過(guò)10代選擇后等位基因頻率的變化。當(dāng)考察一個(gè)位點(diǎn)即標(biāo)記就是QTL,群體的選擇比
4、率為0.5,QTL加性遺傳效應(yīng)為0.4時(shí),檢測(cè)到QTL的比率約為100%,這顯著的高于回交設(shè)計(jì)和F2設(shè)計(jì)。實(shí)驗(yàn)?zāi)M了有一個(gè)QTL染色體和有兩個(gè)連鎖的染色體。在這兩種情況下該方法檢測(cè)效率和精度都比回交設(shè)計(jì)和F2高。如,在每厘摩一個(gè)標(biāo)記時(shí),起始遺傳力為0.1的QTL的95%置信區(qū)間在6cM范圍內(nèi)。染色體上有連個(gè)反相連鎖的QTL時(shí),用等位基因頻率定位QTL能把QTL鎖定在一個(gè)較小的置信區(qū)間內(nèi)。即使其中一個(gè)QTL只有0.05的起始遺傳力,該方法
5、也能將其定位到10cM以下的區(qū)域內(nèi)。 備擇假設(shè)還考察了根據(jù)選擇指數(shù)的高低確定選留個(gè)體時(shí)該方法的power。依據(jù)模擬結(jié)果此時(shí)QTL的檢測(cè)效率主要取決于在指數(shù)中所占權(quán)重較大的性狀的起始遺傳力。如果該性狀的起始遺傳力大則檢測(cè)效率高,反之檢測(cè)效率低。 最后考察了將一對(duì)個(gè)體繁殖得到的后代作為基礎(chǔ)群,經(jīng)過(guò)10個(gè)世代選擇以后,等位基因頻率的變化情況??疾炝似鹗嫉囊粚?duì)個(gè)體的QTL有2,3,4個(gè)等位基因的情況。該位點(diǎn)基因效應(yīng)服從α~(0,
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