PNPLA3、TM6SF2基因多態(tài)性與吸煙、飲酒及交互作用對乙肝病毒相關(guān)性肝癌關(guān)聯(lián)性的研究.pdf

1、目的：目前醫(yī)學(xué)認(rèn)為，癌癥的發(fā)生和發(fā)展是一個(gè)復(fù)雜的過程，是遺傳因素和環(huán)境因素及其相互作用產(chǎn)生的結(jié)果。含patatin樣磷脂酶域3(patatin-l ike phospholipase domain containing3, PNPLA3)基因的作用是編碼一個(gè)在肝細(xì)胞膜表達(dá)的跨膜蛋白，該蛋白具有調(diào)節(jié)脂質(zhì)代謝、炎癥介質(zhì)等作用，研究發(fā)現(xiàn)該基因與肝臟炎癥、肝纖維化進(jìn)展有關(guān)，其位點(diǎn)rs738409與肝細(xì)胞癌（hepatocellular carc

2、inoma，HCC）發(fā)生的相關(guān)性越來越受到重視。6號跨膜超家族2號(transmembrane6 superfamily member2， TM6SF2)基因主要編碼跨膜蛋白，負(fù)責(zé)肝臟脂質(zhì)代謝。一項(xiàng)研究表明其位點(diǎn)rs58542926影響非酒精性脂肪肝患者的肝纖維化程度，與肝硬化的發(fā)生有關(guān)。目前對TM6SF2基因與HCC關(guān)系的相關(guān)研究很少。因此本研究的遺傳因素選擇以上2個(gè)基因的rs738409、rs58542926位點(diǎn)。吸煙與飲酒是很多疾

3、病的危險(xiǎn)因素，對肝臟疾病的危害更是不容忽視，本研究選擇吸煙、飲酒作為環(huán)境因素。分析遺傳因素、環(huán)境因素與乙肝病毒相關(guān)性肝癌（hepatitis B virus hepato-cellular carcinoma，HBV-HCC）的關(guān)聯(lián)，以及與乙肝病毒慢性感染不同結(jié)局的關(guān)系，并探討兩個(gè)基因之間及與吸煙、飲酒的交互作用與HBV-HCC的關(guān)聯(lián)性。
　　方法：
　　1、候選基因的選取。利用 NCBI搜索關(guān)鍵詞：single nucle

4、otide polymorphism（單核苷酸多態(tài)性，SNP）hepatocellular carcinoma，從得到的文獻(xiàn)中，對 2014 年后的相關(guān)英文文獻(xiàn)進(jìn)行查閱，得到相關(guān)候選基因PNPLA3、TM6SF2。在Hapmap（http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.en) 項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫以及PubmedSNP數(shù)據(jù)庫檢索 PNPLA3、TM6SF2基因的位點(diǎn)信息，人種選擇CHB(中國漢族人群Ha

5、n Chinese in Beijing, China)。將從 HapMap 數(shù)據(jù)庫中下載的 PNPLA3 基因 SNP 信息導(dǎo)入 Haploview 4.2 軟件，利用Haploview4.2 軟件對位點(diǎn)進(jìn)行篩選，選擇MAF（Minor Allele Frequency，最小等位基因頻率)＞10％，r2(連鎖不平衡系數(shù))＞0.8，D’(連鎖不平衡程度隨距離而改變的程度)=1的位點(diǎn)，并在PubmedSNP數(shù)據(jù)庫檢索TM6SF2基因的位點(diǎn)

6、信息，結(jié)合文獻(xiàn)資料，最終選定 PNPLA3rs738409 位點(diǎn)與TM6SF2rs58542926位點(diǎn)。
　　2、樣本收集 選擇石家莊市四所三甲醫(yī)院，共納入2161人，其中慢性乙肝患者(Chronic hepatitis B，CHB)691 人，肝硬化患者(Liver cirrhosis, LC)680 人，乙肝病毒相關(guān)性肝癌患者(hepatitis B virus hepatocellular carcinoma, HBV-HC

7、C)420人，健康體檢者370人，同時(shí)獲得研究對象的基線資料及臨床檢查結(jié)果。
　　3、基因分型 從外周血中提取 DNA ，運(yùn)用美國 SEQUENOM 公司MassArray 時(shí)間飛行質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行基因分型，檢測候選基因 PNPLA3、TM6SF2 的兩個(gè) SNP 位點(diǎn)（rs738409、rs58542926 ）的多態(tài)性。PNPLA3rs738409的基因多態(tài)性為CC、CG、GG，TM6SF2rs58542926的基因多態(tài)性為CC、C

8、T、TT。
　　4、統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 應(yīng)用Epidata3.1軟件建立數(shù)據(jù)庫，在線SNP stats尋找基因多態(tài)性的最優(yōu)賦值方法，SPSS20.0與SAS9.1進(jìn)行數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析；采用擬合優(yōu)度的?2檢驗(yàn)進(jìn)行哈代-溫伯格（Hardy-Weinberg，H-W）平衡檢驗(yàn)；采用多分類非條件logistic回歸分析對疾病的相關(guān)基因多態(tài)性及吸煙與飲酒進(jìn)行篩選，采用二分類logistic回歸分析、叉生分析探討基因-基因、基因-環(huán)境交互作用。二分類l

9、ogistic回歸?入=0.05，?出=0.10，H-W平衡檢驗(yàn)?=0.10，其余?=0.05。
　　結(jié)果：1 一般情況健康組男性205人，女性165人；CHB組男性466人，女性225人；LC組男性470人，女性210人；HBV-HCC組男性326人，女性94人。進(jìn)行?2檢驗(yàn)，?2=45.223，P＜0.001，四組性別構(gòu)成差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。CHB組和LC組在性別構(gòu)成上差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P=0.504），其它任何兩組在性別構(gòu)成上

10、差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。健康組、CHB、LC、HBV-HCC組男性構(gòu)成比呈線性上升趨勢（?2=42.910，P＜0.001 )。健康組年齡中位數(shù)為47歲，四分位間距22歲；CHB組分別為39歲和20歲。LC組為52歲和14歲；HBV-HCC組為57歲和12歲。K-W H 檢驗(yàn),X2=491.55，P＜0.001，四組人群平均年齡差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。四組間進(jìn)行兩兩比較，LC組和HBV-HCC組平均年齡差異沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，其余任兩組之間平均年齡差

11、異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；2H-W平衡檢驗(yàn)健康者組 rs738409、rs58542926位點(diǎn)的基因型頻率分布均符合 H-W平衡定律，?2值分別為1.402、1.546，P值均大于0.10。CHB組rs738409位點(diǎn)的基因型頻率分布不符合 H-W平衡定律，X2=11.980，P＜0.005。除此以外，其他組兩位點(diǎn)均符合H-W平衡檢驗(yàn)；3 在線模型篩選分析LC+CHB 組與 HBV-HCC 組，rs58542926 選擇共顯性模型，賦值為CC=

12、1，CT=2，TT=3。rs738409按有無突變進(jìn)行賦值，CC=0，CG/GG=1；4 無序多分類logistic回歸分析4.1 以健康組作為對照：CHB組：年齡每增加1歲，OR=0.951，95%CI(0.941，0.961) ，P＜0.001；男性與女性相比，OR=1.679，95%CI(1.241，2.273)，P＜0.001。LC組：年齡每增加1歲，OR=1.034，95%CI(1.022，1.045)，P＜0.001；男性與

13、女性相比，OR=2.278，95%CI(1.684，3.082)，P＜0.001。HBV-HCC組：年齡每增加1歲，OR=1.076，95%CI(1.062，1.091)，P＜0.001；男性與女性相比，OR=3.002，95%CI(2.080，4.331)，P＜0.001 ；rs58542926每突變一個(gè)位點(diǎn)，OR=1.659，95%CI(1.026，2.684)，P=0.039。4.2 以CHB組作為對照：LC組：年齡每增加1歲，O

14、R=1.087，95%CI(1.076，1.098)，P＜0.001；男性與女性相比，OR=1.356，95%CI(1.029，1.789)，P＜0.001；rs738409 CG/GG與CC相比，OR=0.751，95%CI(0.589，0.956)，P=0.020。HBV-HCC組：年齡每增加1歲，OR=1.132，95%CI(1.117，1.147)，P＜0.001；男性與女性相比，OR=1.787，95%CI(1.257，2.5

15、42)，P=0.001；飲酒與不飲酒相比，OR=1.680，95%CI(1.121，2.519)，P=0.012。4.3 以LC組作為對照：HBV-HCC組：年齡每增加1歲，OR=1.041，95%CI(1.029，1.054)， P＜0.001；飲酒與不飲酒相比，OR=1.539，95%CI(1.071，2.213)，P=0.020；吸煙與不吸煙相比，OR=1.453，95%CI(1.005，2.099)，P=0.047。5 交互作用

16、分析健康者組和HBV-HCC組比較，未發(fā)現(xiàn)基因-基因、基因-環(huán)境、環(huán)境間的相加交互作用。LC+CHB組和HBV-HCC組比較：rs738409與rs58542926存在交互作用，為負(fù)交互相加模型，P=0.017。
　　結(jié)論：1、CHB、LC、HBV-HCC三組，男性構(gòu)成比逐漸增大，平均年齡也逐漸增大。2、rs58542926的T突變是HBV-HCC的危險(xiǎn)因素，rs738409的G突變是LC的保護(hù)因素。CHB為對照，飲酒可能是HBV