基于二代測(cè)序的早期肺腺癌血漿游離DNA的拷貝數(shù)目檢測(cè).pdf

1、肺癌是目前全球范圍內(nèi)癌癥相關(guān)死亡病因中致死率最高的疾病，其中約85％的肺癌為非小細(xì)胞肺癌(Non-small Cell Lung Cancer, NSCLC)，最常見的包括腺癌和鱗癌。低劑量CT應(yīng)用于肺癌高危人群篩查后，肺癌死亡率顯著降低，但篩查的假陽性率也因此增加，從而造成過度診斷和治療。
　　目前，病理組織活檢仍是腫瘤診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，并且能夠指導(dǎo)用藥方案的決策和療效評(píng)估。但該診斷方法存在明顯的缺陷。腫瘤具有異質(zhì)性，組織活檢并不能

2、提供完整的腫瘤突變信息，且取材困難，有創(chuàng)操作對(duì)患者而言風(fēng)險(xiǎn)大。
　　近年來，循環(huán)游離DNA(Circulating free DNA，cfDNA)的檢測(cè)逐漸成為腫瘤領(lǐng)域新的熱點(diǎn)和趨勢(shì)，其中來源于腫瘤組織或細(xì)胞的DNA稱為循環(huán)腫瘤DNA(Circulating tumor DNA, ctDNA)。
　　但目前大多數(shù)cfDNA的研究均集中于晚期腫瘤的治療評(píng)估、耐藥復(fù)發(fā)及療效監(jiān)測(cè)。早期腫瘤患者由于其腫瘤負(fù)荷低，因而cfDNA豐度及

3、ctDNA比例均明顯低于晚期腫瘤患者，不易進(jìn)行檢測(cè)與評(píng)估。近兩年來，隨著二代測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展完善，ctDNA檢測(cè)的敏感性及特異性有了顯著提升，這也給ctDNA的早期腫瘤診斷提供了更多的可能。
　　目的:
　　基于二代測(cè)序技術(shù)的cfDNA拷貝數(shù)變異(Copy Number Variations，CNVs)檢測(cè)在晚期腫瘤中研究較多，但早期腫瘤領(lǐng)域鮮有人涉足。本研究課題著眼于早期肺癌cfDNA的CNVs檢測(cè)，通過肺癌患者與肺部炎

4、癥患者組織標(biāo)本及血漿cfDNA的CNVs對(duì)比，嘗試提出腫瘤早期診斷的另一途徑。
　　方法:
　　1.病例收集
　　2015年11月至2015年12月就診于中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院胸外科行手術(shù)切除的早期肺癌及肺部炎癥患者各4例。收集相應(yīng)腫瘤組織標(biāo)本及全血標(biāo)本。
　　2.全基因組測(cè)序
　　根據(jù)全基因組測(cè)序的規(guī)范流程，完成組織DNA及cfDNA的提取、文庫建立、質(zhì)量控制、上機(jī)測(cè)序等實(shí)驗(yàn)步驟。
　　3.數(shù)據(jù)

5、分析
　　在進(jìn)行測(cè)序質(zhì)量控制、序列比對(duì)后，使用Control-FREEC(version9.1)軟件進(jìn)行CNVs計(jì)算，并對(duì)GC含量進(jìn)行校正。
　　結(jié)果:
　　CNVs檢測(cè)結(jié)果顯示4例肺部炎癥患者的組織及cfDNA均未檢測(cè)到明顯CNVs改變。在4例早期肺癌患者中，3例IA期的肺癌患者組織及血漿cfDNA中未檢測(cè)到明顯CNVs改變，1例IB期的肺癌患者，其組織中能檢測(cè)到較顯著的CNVs改變，但其cfDNA中的CNVs變化趨