二代測序鑒定胃癌基因突變.pdf

1、胃癌是世界范圍內(nèi)最常見的惡性腫瘤之一，發(fā)病率在所有腫瘤中排第四位，在癌癥所致的死亡中胃癌引起的死亡居于第二位。胃癌在我國的發(fā)病率和死亡率較高，胃癌嚴(yán)重影響我國人民的健康甚至生命。胃癌的發(fā)生過程是一個(gè)多因素的、多環(huán)節(jié)的、多個(gè)基因共同參與的復(fù)雜過程，為胃癌的診斷及治療帶來了極大的困難。目前胃癌的治療方法主要包括：根治性手術(shù)、化學(xué)療法及生物治療。其中手術(shù)治療是胃癌治療的主要方法，目前胃癌患者預(yù)后差源于多數(shù)患者在就診時(shí)已處于進(jìn)展期，失去手術(shù)最佳

2、時(shí)機(jī)，從而在一定程度上影響了治療效果，因此，目前關(guān)于胃癌早期診斷、易感基因、治療靶點(diǎn)的研究已成為胃癌研究的熱點(diǎn)。積極探索與胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的分子生物標(biāo)記和治療靶點(diǎn)，有助于為胃癌的診斷治療提供新的方法。二代測序技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展為腫瘤研究人員提供了強(qiáng)有力的新工具，極大地提高了基因組的測序通量，為解開腫瘤復(fù)雜龐大的基因變異開辟了新的途徑。
　　目的：為了在分子水平發(fā)現(xiàn)與胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的基因變異，發(fā)現(xiàn)胃癌中潛在的高頻突變基因，為發(fā)現(xiàn)胃癌

3、發(fā)生發(fā)展中相關(guān)的分子標(biāo)記和潛在的治療靶點(diǎn)提供理論依據(jù)。
　　方法：胃癌組織樣本由實(shí)驗(yàn)員攜帶便攜式液氮罐于手術(shù)室收集，編號(hào)后轉(zhuǎn)送至-80℃超低溫冰箱中存放備用。在腫瘤體細(xì)胞變異目錄數(shù)據(jù)庫上篩選出與腫瘤相關(guān)的基因，利用二代測序平臺(tái)對(duì)胃癌組織進(jìn)行了291個(gè)腫瘤相關(guān)基因的靶向深度測序，對(duì)測序得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析，與千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫比對(duì)，得到胃癌患者中的高頻變異基因，進(jìn)一步進(jìn)行基因富集通路分析及高頻變異位點(diǎn)在胃癌患者中的臨床病理意義

4、。
　　結(jié)果：經(jīng)檢測發(fā)現(xiàn)，胃癌樣本的突變位點(diǎn)主要分布于外顯子及內(nèi)含子區(qū)域，突變位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的功能主要為非同義單核苷酸變異及同義單核苷酸變異。平均每個(gè)樣本中存在407個(gè)單核苷酸變異（其中包含233個(gè)同義突變和174個(gè)非同義突變）和9個(gè)插入缺失變異。經(jīng)過篩選過濾發(fā)現(xiàn)，在148個(gè)基因中存在非同義突變，其中77個(gè)基因在兩個(gè)或兩個(gè)以上的樣本中存在變異。突變率較高的基因有TTN，ALK，MUC2，MCC，ATR，SPRR2B，CASP7，PRKD

5、C，NEMF，TP53，F(xiàn)AT4，CYP2B6，F(xiàn)MN2。變異基因所富集的通路如p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis以及Nucleotide excision repair等信號(hào)通路，這些信號(hào)通路可能與胃癌的發(fā)生機(jī)制存在一定的相關(guān)性。本研究未發(fā)現(xiàn)高頻變異位點(diǎn)與胃癌患者的臨床病理特征存在明顯的相關(guān)性。
　　結(jié)論：
　　1.胃癌組織中的高頻突變基因?yàn)門TN，ALK，MUC2

6、，MCC，ATR，SPRR2B，CASP7，PRKDC，NEMF，TP53，F(xiàn)AT4，CYP2B6，F(xiàn)MN2等，其中TTN，SPRR2B，PRKDC，NEMF，CYP2B6以及FMN2基因可能是胃癌中新的變異基因。
　　2.變異基因所富集的通路主要為p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis等。
　　3.未發(fā)現(xiàn)TTN rs12693166，rs2627043；ALK rs37