應(yīng)用多樣性增量方法識別人類基因組microRNA前體序列.pdf

1、microRNA是一類約為21-26個堿基長度的非編碼單鏈RNA。microRNA在細(xì)胞生長和發(fā)育的過程中起著多種調(diào)節(jié)作用,參與生命過程中一系列的重要進(jìn)程,包括發(fā)育、造血、器官形成、凋亡、細(xì)胞增殖、甚至腫瘤發(fā)生。microRNA對癌癥、心臟病、艾滋病等各種疾病都有一定的影響。
　　 根據(jù)最近研究顯示,RNA最初轉(zhuǎn)錄物(pri-RNA)分子經(jīng)過RnaseⅢ Drosha剪切,成為70～90個堿基大小、具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的microRNA

2、的前體(pre-microRNA),再由Exponin-5將pre-microRNA從細(xì)胞核運輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)中,經(jīng)Dicer酶加工生成microRNA。Pre-microRNA最顯著的特點就是具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)。Pre-microRNA特殊的發(fā)夾結(jié)構(gòu)不僅能夠使pre-microRNA與Exportin-5結(jié)合從而輸出到細(xì)胞質(zhì),而且還是其與Dicer酶作用的必要結(jié)構(gòu)。這兩點就使得發(fā)夾結(jié)構(gòu)對于microRNA和pre-microRNA都非常重要。

3、r>　　 根據(jù)microRNAs前體序列的堿基保守特征和二級結(jié)構(gòu)特征,應(yīng)用多樣性增量方法(ID方法)和支持向量機(SVM)分析,以內(nèi)含子區(qū)(intron)、外顯子區(qū)(exon)、基因間區(qū)(intergenic)三類序列分別作為負(fù)集,對人類的pre-miRNAs進(jìn)行分析和預(yù)測。當(dāng)以intergenic區(qū)和intron區(qū)序列為訓(xùn)練負(fù)集時,其以二級結(jié)構(gòu)三聯(lián)體、四聯(lián)體和五聯(lián)體(3-mer、4-mer、5-mer)為特征參量的敏感性、特異性、整