核酸定量結(jié)構(gòu)功能預(yù)測(cè).pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃的完成，生物學(xué)研究已進(jìn)入了后基因組時(shí)代，研究重點(diǎn)正從積累數(shù)據(jù)向解釋數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變。面對(duì)急劇膨脹的基因組序列數(shù)據(jù)，傳統(tǒng)的生物學(xué)方法已很難滿足需要。目前，生物信息學(xué)方法已成為核酸結(jié)構(gòu)功能研究的重要手段。
　　 本文通過一種新的途徑，即以廣義堿基性質(zhì)得分(SGBP)結(jié)合自交叉協(xié)方差(ACC)，線性判別分析(LDA)和支持向量機(jī)(SVM)建模，進(jìn)行了DNA色譜保留指數(shù)、人類miRNA、脊椎動(dòng)物啟動(dòng)子和人類蛋白質(zhì)編碼基因預(yù)測(cè)或

2、識(shí)別，采用自檢驗(yàn)、交互驗(yàn)證、外部驗(yàn)證等方法驗(yàn)證模型的預(yù)測(cè)能力。
　　 SVM建模所得結(jié)果如下。①DNA色譜保留預(yù)測(cè)：留一法得到的Q2cv可達(dá)到0.851，MSE為0.1123。②miRNA預(yù)測(cè)：交互驗(yàn)證正確率(Acc)可達(dá)到77.29％。外部驗(yàn)證Acc可達(dá)到75.12％。靈敏度(Sn)和特異度(Sp)分別為70.51％和82.61％，馬修斯相關(guān)系數(shù)(MCC)為0.5160。③啟動(dòng)子預(yù)測(cè)：交互驗(yàn)證Acc可達(dá)到85.12％。外部驗(yàn)證

3、Acc可達(dá)到86.55％。Sn和Sp分別可以達(dá)到91.65％和81.47％，MCC為0.7336。④人類的蛋白質(zhì)編碼基因預(yù)測(cè)：交互驗(yàn)證Acc可達(dá)96.18％，外部驗(yàn)證Acc可達(dá)97.58％，Sn和Sp分別為97.28％和97.64％，MCC為0.9141。SVM建模結(jié)果均不同程度相當(dāng)或者優(yōu)于LDA建模所得結(jié)果。
　　 研究表明，SGBP-ACC組合方法能夠較好表征核酸序列特征，其含信息量大且易操作，SGBP-ACC-SVM在核酸