哺乳動(dòng)物線粒體DNA本地序列庫的構(gòu)建與環(huán)狀可視化的研究.pdf

1、以計(jì)算機(jī)為工具，對(duì)DNA序列數(shù)據(jù)進(jìn)行儲(chǔ)存、檢索、分析是生物信息學(xué)(Bioinformatics)的基本內(nèi)容。它是當(dāng)今生命科學(xué)和自然科學(xué)的重大前沿領(lǐng)域之一。近年來，隨著世界各國(guó)對(duì)不同物種的序列測(cè)定工作逐步深入，測(cè)序完成的DNA序列數(shù)目也呈巨量增長(zhǎng)。在此過程中，生物信息學(xué)研究人員對(duì)序列比對(duì)分析軟件或比對(duì)分析系統(tǒng)也提出了越來越多的針對(duì)性需求。如：序列結(jié)構(gòu)可視化、脫機(jī)環(huán)境比對(duì)分析、專用序列數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建、序列分析程序功能的針對(duì)性和界面的友好性等等

2、。這些都成為近年來研究者所關(guān)注的焦點(diǎn)。
　　 在對(duì)生物信息學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)和序列比對(duì)的算法、專有序列庫的構(gòu)建方式、及國(guó)內(nèi)外生物信息學(xué)軟件的發(fā)展現(xiàn)狀等內(nèi)容進(jìn)行了深入學(xué)習(xí)的前提下，參考和借鑒前人的優(yōu)秀研究成果，本文設(shè)計(jì)了一種針對(duì)哺乳動(dòng)物線粒體DNA本地序列庫的構(gòu)建方式和對(duì)線粒體DNA環(huán)狀分子結(jié)構(gòu)的可視化實(shí)現(xiàn)手段?；具^程是：由國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)基本核酸序列數(shù)據(jù)庫(GenBank、EMBL、DDBJ)[2]上下載哺乳動(dòng)物線粒體DNA全序列，作為本地

3、庫中的樣本序列，并提取每一個(gè)樣本序列的功能域劃分；運(yùn)行所編制測(cè)試程序，將本地庫中所有單個(gè)物種序列文件整合生成為一個(gè)fasta庫文件；通過編程接口調(diào)用美國(guó)國(guó)立生物信息中心(NCBI)上的BLAST比對(duì)模塊，完成所提交查詢序列與本地庫的同源性比較；最后依據(jù)比對(duì)結(jié)果，找出本地序列庫中最大相似序列的功能域劃分記錄，對(duì)查詢序列作出可視化的功能域預(yù)測(cè)。試驗(yàn)表明，該方法能夠?qū)崿F(xiàn)脫機(jī)狀態(tài)下的BLAST比對(duì)需求；可以比較準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)查詢序列的功能域，并以可