羅非魚不同群體遺傳變異的微衛(wèi)星標(biāo)記分析.pdf

1、本研究采集了來(lái)自淡水漁業(yè)研究中心的尼羅羅非魚埃及品系、88品系和奧利亞羅非魚，與來(lái)自廣西水產(chǎn)所的尼羅羅非魚、美國(guó)品系和奧利亞羅非魚共174個(gè)樣品的血樣，采用酚/氯仿法提取基因組DNA，利用微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)，分析了6個(gè)群體在25個(gè)微衛(wèi)星基因座的遺傳多樣性，探討了各群體內(nèi)的遺傳變異和各群體間的遺傳關(guān)系，計(jì)算了等位基因頻率、群體雜合度（H）、有效等位基因數(shù)、多態(tài)信息含量、群體間的Nei’s標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離（Ds）和DA遺傳距離等，并利用Ds遺傳距離

2、分別構(gòu)建了6個(gè)羅非魚群體的系統(tǒng)聚類圖。研究結(jié)果如下：
　　 1.利用所選的25個(gè)微衛(wèi)星基因座對(duì)6個(gè)羅非魚群體的174個(gè)個(gè)體進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物。共檢測(cè)到143個(gè)等位基因，平均每個(gè)基因座5.72個(gè)等位基因，最多為8個(gè)，最少為3個(gè)；有效等位基因數(shù)目總共為66.91，有效等位基因數(shù)小于實(shí)際觀察等位基因數(shù)，這是等位基因分布不均勻的結(jié)果。同時(shí)進(jìn)行優(yōu)勢(shì)等位基因分析，結(jié)果表明：25個(gè)微衛(wèi)星基因座都有優(yōu)勢(shì)等位基因存在。
　

3、　 2.Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)結(jié)果表明：用基于馬可夫鏈模型的Hardy-Weinberg精確P值的無(wú)偏估測(cè)對(duì)各群體的多基因座檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，6個(gè)羅非魚群體都處于遺傳平衡狀態(tài)；而對(duì)各基因座進(jìn)行的多群體檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，有4個(gè)基因座出現(xiàn)了顯著的遺傳不平衡性；單群體單基因座檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，6個(gè)群體中有8.11％的基因座處于遺傳不平衡狀態(tài)。究其原因有隨機(jī)交配發(fā)生偏移、遺傳漂變及選擇等因素，其中選擇所造成的影響最大，其次為隨機(jī)交配發(fā)生的偏移以及遺傳漂

4、變。
　　 3.根據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果可知：25個(gè)微衛(wèi)星基因座大部分為高度多態(tài)性基因座，平均多態(tài)信息含量在0.404～0.6735之間，6個(gè)羅非魚群體具有的遺傳多樣性適中，各個(gè)群體的平均PIC值在0.4212～0.6105，尼羅羅非魚美國(guó)品系的PIC最高為0.6105，PIC最低的為中心奧利亞羅非魚群體。6個(gè)群體觀察雜合度變化范圍在0.7253～0.8160之間，期望雜合度變化范圍在0.5146～0.6834之間，雜合度較高，其中雜合度最

5、高的是廣西尼羅群體，中心奧利亞群體則為最低。
　　 4.用PopGene1.32軟件軟件分別計(jì)算了6個(gè)羅非魚群體之間的Nei’s標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離和DA遺傳距離，并用MEGA3軟件對(duì)其進(jìn)行聚類，結(jié)果表明：由Nei’s標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離用鄰近結(jié)合法（NJ法）聚類所得的結(jié)果與各群體之間的歷史起源、選育方式、人工選擇強(qiáng)度等特征基本吻合。用Ds遺傳距離將6個(gè)群體分為兩類：Ⅰ類：尼羅羅非魚埃及品系、尼羅廣西群體、尼羅羅非魚美國(guó)品系和尼羅羅非魚88品系

6、聚為一類。在這四個(gè)群體中尼羅羅非魚埃及品系首先與尼羅廣西群體聚到一起，然后又和尼羅羅非魚美國(guó)品系相聚，最后尼羅羅非魚88品系與它們聚在一起。Ⅱ類：中心奧利亞羅非魚群體和廣西奧利亞羅非魚群體聚為一類。
　　 5.F-統(tǒng)計(jì)量分析表明：微衛(wèi)星基因座的雜合性基因多樣性的比率（FST）的變化范圍是從基因座UNH738的0.0779到基因座UNH183的0.3484，平均值為0.1937；基因流（Nm）在0.4675（基因座UNH183）和

7、1.8425（基因座UNH189）之間變動(dòng)，平均值為1.0407。
　　 6.尼羅羅非魚埃及品系和尼羅廣西群體間的標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離和分化指數(shù)分別為0.1913、0.0904，兩個(gè)奧利亞群體之間的標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離和分化指數(shù)分別為0.0911、0.0599。通過(guò)分子方差分析，奧利亞羅非魚變異來(lái)源群體問(wèn)所占的比例為6.82％，而尼羅羅非魚變異來(lái)源群體間所占的比例為13.08％。表明淡水漁業(yè)研究中心選育的“夏奧1號(hào)”奧利亞羅非魚適合其他地方養(yǎng)殖